Meskipun alasan yang dilakukan oleh PRRI ini benar, namun cara yang
digunakan untuk mengoreksi pemerintah pusat itu salah. PRRI menuntut kepada
pemerintah pusat dengan nada paksaan, sehingga pemerintah menganggap
bahwa tuntutannya itu bersifat memberontak. Hal tersebut menimbulkan kesan
bagi pemerintah pusat bahwa PRRI adalah suatu bentuk pemberontakan. Akan
tetapi, jika PRRI itu dikatakan sebagai pemberontak, hal ini merupakan
anggapan yang tidak tepat sebab sebenarnya PRRI ingin membenahi dan
memperbaiki sistem pembangunan yang dilakukan pemerintah pusat, bukan
untuk menjatuhkan pemerintahan Republik Indonesia.
Sementara itu di Indonesia bagian timur juga terjadi pergolakan. Tanggal 2 Maret
1957 di Makassar, Panglima TT VII Letkol Ventje Sumual
memproklamasikan Piagam Perjoangan Rakyat Semesta (Permesta). Piagam
tersebut ditandatangani oleh 51 tokoh. Wilayah gerakannya meliputi Sulawesi,
Nusa Tenggara, dan Maluku. Untuk memperlancar gerakannya dinyatakan
bahwa daerah Indonesia bagian timur dalam keadaan bahaya. Seluruh
pemerintahan daerah diambil alih oleh militer pemberontak.