Tugas Praktikum Hari, tanggal : Selasa, 6 Oktober 2020

Epidemiologi dan Ekonomi Kelompok : 4/P2

Veteriner Dosen : drh A. Zahid Ilyas, MSi

Praktikum 2

Anggota kelompok:

1. Emilna Mega Ningrum B04170050

2. Bella Syafira Sofwan B04170068
3. Muh Kholid Ridwan B04170081
4. Tigrisia Faathira Ahmad B. B04170086
5. Tabitha Audrey Auraroso B04170092

DEPARTEMEN ILMU PENYAKIT HEWAN DAN

KESEHATAN MASYARAKAT VETERINER
FAKULTAS KEDOKTERAN
HEWAN IPB UNIVERSITY
2020
1. Suatu waktu anda bermaksud melakukan uji diagnostik (Screening test) terhadap brucellosis
pada daerah peternakan sapi perah Ciomas I dan Ciomas II. Uji yang anda gunakan adalah
Tube Agglutimation Test (TAT) dengan nilai Sensitivitas (Sensitivity) 60,0% dan nilai
Spesifisitas (Specificity) sebesar 90,0%.

Populasi sapi perah di daerah Ciomas I dan II masing-masing 10.000 ekor. Sedangkan
prevalensi (true prevalence) di daerah Ciomas I dan II masing-masing 10% dan 5%.

Berdasarkan data-data tersebut di atas coba anda kerjakan :

a. Sajikan data-data uji yang anda lakukan terhadap brucellosis dalam tabel 2 x 2 untuk
masing-masing daerah peternakan sapi perah.
b. Hitung "estimated prevalence" pada daerah Ciomas I dan II.
c. Mengapa "estimated prevalence" lebih besar dibandingkan dengan "true prevalence"
pada kedua daerah peternakan sapi perah tersebut.
d. Bandingkan nilai prediktif (predictive value) dari hasil positif uji pada daerah Ciomas
I dan II serta bagaimana penafsiran anda.

=>
Diketahui : Sensitivitas (Sensitivity)= 60%
Spesifisitas (Specificity)= 90%
Ppopulasi (n) = 10.000 ekor
Pravelensi (True Prevalensi)= Ciomas I =10%
Ciomasi II=5%
Jawab :
a) True Prevalensi = (a+b)/n
Ciomas I 10%= (a+c)/10.000
10%(10.000)=(a+c)
(a+c)=1000

Sensitivity P(T+|D+) = a/(a+c) n=(a+c)+(b+d)

60% = a/1000 10.000=1000+(b+d)
60%(1000)=a 10.000-1000=(b+d)
a=600→a+c=1000 9000=(b+d)
c=1000-600
c=400
Spesificity P(T-/D-)=d/(b+d)
Penyakit D
90%=d/(9000)
+ - 90%(9000)=d
Hasil Uji (T) + 600 900 1500 d= 8100→b+d=9000
- 400 8100 8500 b= 9000-8100
1000 9000 10.000 b =900

True Prevalensi = (a+b)/n

 Ciomas II 5%= (a+c)/10.000
5%(10.000)=(a+c)
(a+c)=500

Sensitivity P(T+|D+) = a/(a+c) n=(a+c)+(b+d)

60% = a/500 10.000=500+(b+d)
60%(500)=a 10.000-500=(b+d)
a=300→a+c=500 9500=(b+d)
c=500-300
c=200
Spesificity P(T-/D-)=d/(b+d)
Penyakit D
90%=d/(9500)
+ - 90%(9500)=d
Hasil Uji (T) + 300 950 1250 d= 8550→b+d=9500
- 200 8550 8750 b= 9500-8550
500 9500 10.000 b =950

b) Estimated prevalence P
Rumus : uji positif (a+b)/ n
Ciomas I
=1500/10.000= 0,15
= 15%
Ciomas II
=1250/10.000= 0,125

= 12,5%

c) Nilai Estimated prevalence lebih besar karena hal ini didasarkan pada hasil
pengujian, sedangkan true prevalensi didasarkan pada kondisi penyakit hewan.
Estimated prevalence dimana hasil uji pada penyakit lebih mengarah pada hasil uji
positif pada pengujian dimana hasil spesifisitas akan lebih tinggi, sehingga true
prevalence (yang hanya berdasar pada kondisi penyakit hewan tanpa pengujian)
hasilnya lebih kecil dari nilai estimated prevalence.

d) Nilai Predektif (predictive value) positif uji = a/(a+b)

Ciomas I= 600/1500 = 0,4=40%

Ciomas II= 300/1250= 0,24=24%

Penafsiran= Semakin tinggi True Prevalence , maka akan berbanding lurus dengan
Nilai Predektif (+) yang juga makin tinggi .
2. Diketahui :
Uji yang digunakan adalah uji Z
Populasi sapi (n) = 448
Sapi yang positif (+) menderita penyakit X = 112 ekor, berdasarkan suatu uji Y (reference
test) yang dianggap memiliki sensitivitas 100 % dan spesifisitas 100 %.
Andaikan sebuah uji yang berbeda (uji Z) digunakan dan hasil uji tersebut adalah :
• Dari 112 ekor sapi yang sakit X, 76 ekor memberikan hasil uji positif dan sisanya
negative.
• Dari 336 ekor sapi yang sehat 328 ekor memberikan hasil uji negative dan sisanya
positif
Tanya :
a. Berapakah True prevalensi dalam populasi?
b. Berapakah Sensitivitas dan spesifitas uji Z?
c. Berapakah Nilai prediktif untuk hasil uji positif pada uji Z?
d. Berapakah Estimated prevalence pada uji Z?
Jawab:
Penyakit X
+ - Total
+ 112 0 112
Uji Y

_ 0 336 336
Total 112 336 448
(𝑎+𝑐) 112
a. True prevalence = 448 = 25%
𝑛

Penyakit X
+ - Total
+ 76 8 84
Uji Z

_ 36 328 364
Total 112 336 448
Hewan sakit = +76 ; -36
Hewan sehat = +8 ; -328
Jika sebuah uji yang berbeda (uji Z) dengan hasil diatas,
(𝑎+𝑐) 76+8 84
maka nilai True prevalence = = = 448 = 19,09 %
𝑛 448

𝑎 76
b. Sensitivitas uji Z =(𝑎+𝑐) = 76+36 = 67,86%
𝑑 328
Spesifitas uji Z =(𝑏+𝑑) = 8+328 = 97,62%
 𝑎 76
c. Nilai prediktif uji (+) =(𝑎+𝑏) = 76+8 = 90,48%
(𝑎+𝑏) (76+8)
d. Estimated prevalence = = = 18,75%
𝑛 448

Hasil estimated prevalence pada uji Z (18,75%) dengan true prevalence pada uji Z
(25%) berbeda karena dari sensitifitas dan spesifitas alat uji Y lebih tinggi dibanding
dengan alat uji Z. True prevalence mengambil jumlah hewan yang sakit tanpa
memperdulikan hasil uji sedangkan estimate prevalensi mengambil jumlah hewan positif
sakit berdasarkan uji meskipun beberapa hewan tidak menunjukkan gejala sakit. Hal
tersebut menyebabkan nilai estimasi penyakit lebih rendah dibandingkan kejadian di
lapang (true prevalence).

3. Dengan teknik bakteriologis prevalensi penyakit X pernah ditentukan sebesar 5%. Namun
cara ini tidak praktis, memerlukan waktu yang panjang dan mahal. Anda mengembangkan
teknik uji serologis untuk mendeteksi antibodi penyakit X. Uji ini memiliki sensitivitas 95%
dan spesifisitas 80%. Kemudian anda memutuskan memakai uji ini untuk pemberantasan
penyakit X. Hewan yang positif menurut uji dipotong dan setiap pemotongan menimbulkan
kerugian sebesar Rp. 1000.000,-

Berdasarkan data tersebut di atas, hitung :

a. Jika sebanyak 1 juta ekor hewan yang diuji, berapa kerugian Finansial karena
pemotongan?
b. Berapa kerugian ekstra karena ketidaktelitian uji yang anda gunakan?
c. Untuk memperkecil pemotongan yang tidak semestinya, manakah yang menjadi
sasaran perbaikan uji anda, sensitivitas atau spesifisitas uji?

Diketahui :
True Prevalence P(D+) = 5%
Sensitivity (Se) = 95%
Specificity (Sp) = 80%
Kerugian pemotongan perekor = Rp. 1.000.000,-

Ditanya :
a. Kerugian finansial karena pemotongan 1 juta ekor
b. Kerugian ekstra karena ketidaktelitian uji
c. Sasaran perbaikan uji anda

Jawab :
Total true prevalence = 5% × 1.000.000
= 50.000
Total false prevalence = 1.000.000 - 50.000
 = 950.000
True + = sensitifitas × true prevalensi
= 95% × 50.000
= 47.500
True - = spesifisitas × false prevalensi
= 80% × 950.000
= 760.000

Penyakit
+ - Total
Hasil Uji + 47.500 190.000 237.500
- 2.500 760.000 762.500
Total 50.000 950.000 1.000.000

a. Kerugian finansial karena pemotongan 1 juta ekor

Kerugian finansial = 237.000 × 1.000.000
= Rp. 237.000.000.000

b. Kerugian ekstra karena ketidaktelitian uji

Kerugian ekstra = 190.000 × 1.000.000
= Rp. 190.000.000.000

c. Sasaran perbaikan uji anda

Untuk memperkecil pemotongan yang tidak semestinya, sensitivitas uji perlu menjadi
sasaran perbaikan uji agar tidak banyak nilai positif palsu.

4. Anda diminta mengumpulkan sampel dari sekelompok ayam broiler dan melakukan
pengujian untuk mengetahui kemungkinan infeksi virus AI pada kelompok ayam tersebut.
Ada sekitar 750 ekor ayam dan sebagian besar dari ayam tersebut memperlihatkan gejala-
gejala yang biasa menyertai AI. Anda lalu mengambil sampel swab tracheal dari seluruh
ayam tersebut dan mengujinya dengan menggunakan dua metode tes yakni RRT-PCR, dan
isolasi virus yang merupakan gold standard untuk pendeteksian AI.

Hasil pengujian yang anda peroleh adalah sebagai berikut :

- Hasil isolasi virus menunjukkan 634 sampel positif AI.

- Hasil RRT – PCR menunjukkan 648 sampel positif AI.
- Dari seluruh sampel yang positif melalui RRT-PCR, 626 sampel juga dinyatakan
positif melalui isolasi virus.

Pertanyaan :

(a). Sajikan data-data tersebut di atas dalam tabel 2 x 2

 Isolasi virus (gold standart test AI)
RRT- + -
PCR + 626 22 648
test - 8 94 102
Total 634 116 750

(b). Jika dibandingkan dengan gold standard tes AI, apakah test RRT- PCR akurat ?
Jawab:
Akurasi merupakan kemampuan uji untuk mengidentifikasi secara tepat
individu/hewan yang terinfeksi.
Cara menentukan akurasi dengan rumus:
Akurasi = a+d/n
Akurasi = 626+94/750 = 96%

Tingkat akurasi pengujian RRT-PCR sebesar 96%, sangat akurat.

(c) Hitung sensitivitas dan spesifisitas tes RRT-PCR dan berikan interpretasi anda.
Jawab:
• Sensitivitas merupakan proporsi hewan yang benar-benar terinfeksi yang
teridentifikasi secara tepat oleh uji.
Sensitivitas: a/a+c = 626/634 = 98,7 %
• Spesifisitas merupakan proporsi hewan yang tidak terinfeksi yang teridentifikasi
secara tepat oleh uji.
Spesifisitas: d/b+d = 94/116 = 81%

Sensitivitas tes RRT-PCR lebih tinggi daripada spesifitasnya. Hal ini menunjukkan
proporsi hewan yang terinfeksi cukup tinggi yang teridentifikasi secara tepat oleh uji.
Namun dikhawatirkan semakin tinggi sensitivitasnya, maka kemungkinan positif palsu
akan besar. Meskipun begitu, hasil spesifisitas pun masih tinggi, hal ini menunjukkan
proporsi hewan yang tidak terinfeksi juga lumayan tinggi. Ketepatan pengujian RRT-PCR
dalam menunjukkan ayam yang benar terinfeksi dan tidak terinfeksi cukup tinggi.

(d) Hitung true prevalence dan estimeted prevalence dari AI pada kelompok ayam
tersebut dan berikan interpretasi anda.

Jawab:
True prevalence merupakan prevalensi yang didasarkan pada kondisi penyakit
hewan.
TP: a+c/n = 626+8/750 = 84.5%
Estimated prevalence merupakan prevalensi yang didasarkan pada hasil pengujian.
EP: a+b/n = 626+22/750 = 86.4%
 Nilai pada true prevalence dengan estimated prevalence tidak berbeda signifikan,
artinya, prevalensi pada ayam yang benar-benar sakit tidak berbeda jauh dengan yang
diperkirakan, yaitu yang diperoleh dari seluruh hasil uji positif RRT-PCR. Sehingga
membuktikan bahwa pengujian dengan RRT-PCR merupakan pertimbangan yang baik
untuk menguji penyakit AI.

(e) Hitung nilai prediktif dari positif uji dan interpretasikan maknanya. Mengapa ukuran ini
merupakan salah satu hal penting dari screening test ?

Jawab:
Nilai prediktif dari positif uji dapat dihitung dengan rumus
a/a+b = 626/626+22 = 97%

Hasil yang diperoleh cukup besar. Hal ini menunjukkan bahwa sebesar 97%
kebenaran bahwa hewan yang diuji adalah positif. Nilai prediktif positif uji penting,
karena menunjukkan hasil pengujian benar positif pada hewan yang terindikasi positif
terjangkit suatu penyakit.

(f) Hitung nilai prediktif dari negatif uji dan interpretasikan maknanya.
Nilai prediktif dari positif uji dapat dihitung dengan rumus
d/c+d = 94/8+94 = 92%

Hasil yang diperoleh cukup besar. Hal ini menunjukkan bahwa sebesar 92%
kebenaran bahwa hewan yang diuji adalah negatif. Sama seperti halnya nilai prediktif
positif uji, penting juga, karena menunjukkan hasil pengujian benar negatif pada hewan
yang terindikasi negatif terjangkit suatu penyakit, meskipun penghitungan nilai prediktif
positif uji lebih banyak dilakukan daripada penghitungan dengan nilai negatif uji.

(g) Jika pertimbangan utama anda adalah ingin mengidentifikasi sebanyak mungkin ayam
yang terinfeksi AI, apakah RRT-PCR merupakan alat ”screening” yang baik?
Mengapa?

RRT-PCR merupakan alat screening yang baik dalam mengidentifikasi ayam yang
terinfeksi AI yang dapat dilihat dari nilai sensivitas yang tinggi. Karena semakin sensitif
suatu uji, maka semakin hasil uji positif yang terdeteksi termasuk di dalamnya hasil uji
positif palsu. Jika dikatakan pertimbangan utama, pengujian menggunakan gold standar
test memungkinkan memiliki hasil yang lebih akurat daripada RRT-PCR yang hanya
memiliki nilai akurasi 96%.