BIOKIMIA

- Biokimia : ilmu yang mempelajari tentang kehidupan organisme baik virus dan
bakteri
- Ilmu terkait biokimia : imunology, patalogy, toksikology, farmakology, fisiology
- KARBOHIDRAT : molekul karbon yang kaya akan gugus hidroksil
- KLASIFIKASI KARBOHIDRAT :
1. MONOSAKARIDA : karbohidrat paling sederhana
2. DISAKARIDA : karbohidrat terhidrolisis jadi 2 molekul
3. OLIGOSAKARIDA : karbohidrat terhidrolisis jadi 2-10 molekul monosakarida
4. POLISAKARIDA : karbohidrat menghasilkan sejumlah molekul
monosakarida
- MONOSAKARIDA :
1. Triosa : 3 atom karbon
2. Tetrosa : 4 atom karbon
3. Pentosa : 5 atom karbon
4. Heksosa : 6 atom karbon

ENZYM
- Biomolekul yang bekerja pada suatu reaksi kimia sebagai katalis, berfungsi menurunkan
energi aktivasi yang diperlukan dengan cara menstabilkan transtition state, agar reaksi
kimia secara fisiologi berlangsung dengan cepat.
- -Enzymes berupa molekul protein atau molekul RNA (ribozymes)
- Enzim untuk untuk membangun otot, mengancurkan racun, dan memecah partikel
makanan selama proses pencernaan
- Semakin banyak enzim berkurang, membentuk prodak sedikit, hasil penyakit nyata
- Reaksi endergonic
1. Reaksi non spontan
2. Reaksi Endergonic menyerab enerji dari lingkungannya
3. Reaksi Endergonik menyebabkan enerji bebas dalam sistim meningkat
- Reaksi esergonik
1. Reaksi spontan
2. Reaksi Eksergonik melepas enerji ke sekitarnya
3. Suhu lingkungan meningkat
- SIFAT ENZIM :
1) Setelah reaksi terjadi, enzim tetap ada.
2) Bersifat spesifik bagi substrat
3) Reaksi yang dikatalis bersifat spefifik .
 4) Co-factors: organic coenzymes, dan prosthetic groups (covalent) atau inorganic (non-
covalent)
5) Dalam satu alur reaksi metabolisme, satu reaksi atau satu enzim merupakan ‘the rate-
limiting step’, yang menentukan kecepatan alur reaksi metabolisme secara keseluruhan.
- ISTILAH-2 UNTUK ENZIM :
- HOLOENZYME: Enzim yang mempunyai co-factor/co-enzyme
- (Holonenzyme = Enzim aktif)
- APOENZYME : Enzim yang TIDAK mengikat co-factor/co-enzyme
- (Apoenzyme = Enzim tdk aktif)
- CO-ENZYME : molekule organik kecil (non protein).
- COFACTOR : Senyawa atau ion nonorganik yang diperlukan untuk enzim untuk
mengkatalis
- Suatu reaksi.
- SITUS AKTIF MEMPUNYAI 2 AKTIVITAS:
1. AKTIVITAS MENGIKAT SUBSTRAT
2. AKTIVITAS MENGKATALIS
- KESPESIFIKAN ENZIM :
1. BOND SPECIFICITY : Enzim mengkatalis reaksi yang substratnya memiliki
kekhususan dalam ikatan kimia dan struktur molekul. Enzim α- amilase , enzim
ini hanya menghidrolisa ikatan α-1, 4 glikosida yang terdapat di amilum dan
glikogen.
2. GROUP SPECIFICITY : aktivitasnya menunjukkan kekhususan terhadap struktur
dari substratnya. Enzim heksokinase , mempunyai kekhususan memberikan
gugus pospat pada gugus hidroksil dari C-6 dari glukosa.
3. SUBSTRATE SPECIFICITY : Enzim mempunyai kekhususan pada substrat dan
reaksi tertentu. Enzim memiliki situs aktif yang rigid yang hanya sesuai untuk
substrat yang mempunyai konfigurasi 3 demensi tertentu.
4. Co-factor specificity : bagian non protein dari enzim aktif , yang diperlukan agar
enzim bisa berfungsi dengan benar. Co-factor yang sesuai tdk tersedia maka
reaksi enzimatik tidak terjadi bahkan meskipun terdapat substrat yang sesuai.
- JENIS REAKSI ENZIM
1. Transferase : Mengkatalis pemindahan satu gugus dari satu molekul ke molekul lain.
2. Hydrolase: memutus / memisahkan bagian dari suatu substrat , menggunakan
molekul air.
3. Oxidoreductase : Pada reaksi Oksidasi-i reduksi, memindahkan elektron antar
melekul .
4. Lyase: Mengkatalis reaksi lisis dari suatu substrat tanpa melibatkan molekul air atau
oksigen.
5. Ligase: Mengkatalis reaksi penggabungan antara 2 substrat , seringkali dengan
melepas satu molekul air.
6. Isomerase: Mengkatalisa reaksi pengaturan kembali suatu substrat
- ZYMOGEN : bentuk inactive dari enzym, mengubah menjadi enzym yang aktif. Terjadi di
golgi apparatus.
- ISOENZIM =ISOZIM : bentuk alternatif dari enzim yang memiliki aktifitas yang sama.
 CONTOH : isozymes of lactate dehydrogenase (LDH)
 Isoformsnya terdapat di liver, bone, kidney
- FAKTOR YANG MEMPENGARUHI AKTIFITAS ENZIM
1. Suhu
2. pH
3. Konsentrasi enzym
4. Substrat
5. Inhibitor terhadap enzym
6. Penghambatan & aktivasi allosterik untuk enzim .
7. Penghambatan allosterik= feedback inhibition.
- REGULASI AKTIFITAS ENZIM MODIFIKASI KOVALEN PASCA BIOSINTESIS
Memutus dan menambahkan gugus pospat dengan cara :
a. Pada keadaan ATP >>> dan ADP <<< terjadi proses posporilasi.
b. Pada keadaan ATP <<< dan ADP >>> terjadi proses deposporilasi
→ Proses ini akan menyeimbangkan reaksi biosintesis dan katabolisme
- Enzim dalam mengkatalis reaksi tetapi tanpa enzim molekul tsb tidak berfungsi.
- Enzim kinase = itu memberikan fosfat
- Eksogenase = memberikan gugus forsat
- JENIS REAKSI ENZIM :
1. Transferase
2. Hydrolase

PROTEIN
- MAKROMOLEKUL YANG TERSUSUN DARI MONOMER ASAM AMINO.
- URUTAN TERSEBUT DITENTUKAN OLEH GEN DALAM DNA
- Karakteristik
- Protein mempunyai empat struktur: Primer, Sekunder, Tersier, dan
Kwartener.
- Suhu tinggi dan senyawa tertentu denaturasi protein
- Protein mempunyai pI (adalah keasaman lingkungan yang menyebabkan protein
bermuatan netral)
- IKATAN PEPTIDA DALAM PROTEIN
- - Ikatan Peptida terjadi antara asam amino –asam amino dalam protein.
- Sangat kuat dan tersusun planar
- Struktur sekunder berbentuk α-helices atau β pleated sheets. Sebagai contoh asam
amino proline disebut sebagai “helix breaker” karena gugus ‘R’ nya berbentuk cincin,
kondisi ini akan membentuk lekukan sehingga formasi alfa-helix tidak sempurna. Asam
amino seperti tryptophan, tyrosine, and phenylalanine, yang mempunyai gugus ‘R’
dengan struktur cincin besar.
- INTERAKSI VAN DER WALLS : interaksi van der walls terjadi antar molekul aa yang
kedekatan molekul itu berjarak ≤ 5 nm.

ASAM AMINO
- ASAM AMINO adalah senyawa organik yang mempunyai gugus fungsionil amino dan
karboksil, dan juga mengandung ‘rantai samping’(gugus R) yang khas untuk setiap
asam amino.
> Asam amino adalah building block bagi protein
> Secara mandiri asam amino berperan pada proses biokimia
- CATATAN
- Asam amino Prolin → Gugus R berikatan dengan gugus amino sehingga tersusun
siklik.
- Asam amino Glisin → Gugus R adalah hidrogen
- Asam amino adalah molekul Chiral karena pada atom karbon(C) α terikat 4 macam
gugus yang berbeda
- PEMBAGIAN ASAM AMINO :
1. UKURAN MOLEKUL
2. KEPOLARAN
3. KEASAMAN
4. ELEKTRISITAS (MUATAN ELEKTRIK)
5. KELARUTAN DALAM AIR
- TITIK ISOELEKTRIK : nilai pH lingkungan dimana muatan sebagian besar molekul asam
amino nol (netral)
- BIOSINTESIS ASAM AMINO : • Manusia dapat menghasilkan 12 asam amino
• Bahan dasar : senyawa amfibolik dan asam amino lain
• Sumber senyawa amfibolik adalah:
α-ketoglutarat Glu, Gln, Pro, Hyp
Oksaloasetat Asp, Asn
3-phosphogliserat Ser, Gly
Asam amino esensial lain Cys, Tyr, Hyl