ANALISIS JURNAL PADA ARTIKEL - ARTIKEL YANG MEMBAHAS MATERI

ASAM NUKLEAT

Oleh Kelompok IV
Hasri Indah Asiah, Sella Maudy Siswara, Syara Fadila

Jurusan Pendidikan IPA Universitas Negeri Medan, Fakultas MIPA, Jl.William Iskandar Ps V

E-mail: hasriindahasiah@gmail.com

Abstrak

Asam nukleat adalah senyawa kimia yang terdapat didalam inti sel (Nukleus). Asam nukleat
merupakan suatu polimer nukleotida yang berperan dalam penyimpanan serta pemindahan
informasi genetik yang berhubungan dengan pewarisan sifat turunan. Fungsi asam nukleat
adalaah sebagai pembawa informasi genetik yang mengatur pemunculan sifat suatu makhluk
hidup. Asam nukleat ditemukan disegala jenis hidup. Disamping sebagai penyimpanan
informasi genetik, asam nukleat juga berperan dalam penyampaian pesan kedua, serta
pembentuk molekul dasar dalam pembentukan molekul dasar dalam pembentukan adhesion
trifosfat. Didalam asam nukleat ditemukan dalam dua bentuk yaitu:asam deoksiribosa nukleat
(DNA) dan asam ribose nukleat (RNA).

Kata kunci : Asam Nukleat

PENDAHULUAN

Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, di laboratorium Hoppe-Syler di
Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-
sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengancara ini diperoleh inti sel yang masih
terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat
memperoleh inti sel saja dan dengancara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang
larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan ”nuclein”
sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat
merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. Asam nukleat terdapat
dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat penting dalam biosintesis protein. Baik
DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat pada protein yang mempunyai
sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat padahiston.Senyawa gabungan antara asam
nukleat dengan protein ini disebut nukleoprotein.

METODE PENULISAN

Penulisan ini menggunakan metode deskriptif yaitu dengan menjabarkan dan menjelaskan isi
-isi dari ke 4 jurnal yang dianalisis.

PEMBAHASAN

Isi jurnal pertama

Jurnal pertama ini berjudul : Asam nukleat bebas untuk deteksi DNA dan RNA Dalam
plasma dan serum. Dengan tujuan memberi gambaran perkembangan konsep CNAPS dari
awal ditemukan disertai hasil-hasil penelitian yang mendukungnya. Efisiensi ekstraksi
CNAPS juga lebih baik dengan memberikan representasi fragmen DNA lebih kecil pada saat
ekstraksi (21). Cellfree RNA (cfRNA) dapat dideteksi dalam cairan tubuh lainnya seperti
saliva dan urine, hasilnya memuaskan yaitu dilaporkan mampu mendeteksi sebagai marka
diagnosis kanker mulut dan urologi . Hasil Pada orang normal, diyakini asal CNA dari hasil
apoptosis limfosit dan inti sel lainnya. Hal ini didukung oleh temuan bahwa kadar DNA
plasma normal pada elektroforesis menunjukkan ukuran pita ekuivalen dengan jumlah
multiplikasi keseluruhan (1-5x) dari DNA nucleosomal (185 – 200 bp) sehingga bisa
dikatakan apoptosis merupakan sumber utama CNAPS. Sementara pada pasien kanker,
dimana apoptosis sel hilang karena proliferasi sel meningkat sehingga seringkali pada
elektroforesis muncul pola tangga (pada kanker kanker paru dan pankreas) yang mirip seperti
pola apoptosis sel . Sumber DNA fetal yang masuk ke plasma maternal, berasal dari berbagai
kemungkinan yaitu transfer DNA langsung, sel-sel placenta dan hematopoeitic, dan placenta
sebagai sumber predominan. Untuk RNA dengan sifat yang sangat labil dan mudah
terdegradasi karena enzim RNA-ase yang ada dimanamana, kemudian orang tidak menduga
akan adanya cell-free RNA dalam plasma. Namun hadirnya RNA endogenus stabil yang
sama dengan eksogenusnya dalam sirkulasi memberi kesan bahwa RNA bisa saja terkandung
dalam badan apoptosis (apoptosis bodies) atau terikat pada protein/phospolipid dan
terlindungi dari degradasi oleh enzim nuclease.

Isi jurnal kedua

 Judul jurnal kedua: Metode Transfer Asam Nukleat sebagai Dasar Terapi Gen, Proses
memindahkan asam nukleat ke dalam sel eukariot dapat dilakukan dengan berbagai metode
yaitu secara biologi, kimiawi dan fisik. Metode biologi menggunakan virus disebut transfeksi
viral/ transduksi, sedangkan metode memindahkan asam nukleat secara kimiawi dan fisik
tanpa bantuan virus disebut sebagai transfeksi non viral. Metode: Metode fisik untuk transfer
gen. Mikroinjeksi langsung ke dalam sel yang dikultur atau inti merupakan teknik efektif
walaupun teknik tersebut sulit karena menggunakan jarum halus untuk menyisipkan asam
nukleat ke dalam sel. Hasil: Reagen transfeksi harus kontak dengan sel selama beberapa
waktu, kemudian medium diganti untuk mengurangi efek toksik reagen transfeksi. Waktu
transfeksi yang optimal bergantung pada tipe sel, reagen transfeksi dan asam nukleat yang
digunakan. Protokol transfeksi memerlukan kondisi bebas serum untuk hasil yang optimal
karena serum dapat berinteraksi dengan beberapa reagen transfeksi sehingga mempengaruhi
proses transfeksi.

Isi jurnal ketiga

Judul jurnal ketiga: Sensor Asam Nukleat Sebagai Aktivator Imunitas Intrinsik
Terhadap Patogen Intraseluler. Tujuan utama sistem imun di dalam tubuh manusia dan
makhluk hidup lainnya adalah untuk mencegah replikasi patogen sehingga pada akhirnya
mengurangi atau meredakan gejala yang timbul akibat infeksi. Untuk mendukung fungsi
tersebut, tubuh manusia dilengkapi oleh berbagai sensor untuk mendeteksi keberadaan
patogen. Dengan menggunakan berbagai sensor asam nukleat, sel dapat mendeteksi patogen
intraseluler dan kemudian menginstruksikan aktivasi sistem imun intrinsik yang selanjutnya
akan berujung pada eliminasi asam nukleat patogen melalui jalur stimulasi interferon.
Dengan demikian, tubuh dapat mengeliminasi atau mengurangi ancaman infeksi letal akibat
aktivitas patogen intraseluler. Sayangnya, pada beberapa kondisi, sensor asam nukleat
mengalami disorientasi sehingga mengenali DNA atau RNA sel inang sebagai asam nukleat
asing yang harus dibasmi. Kejadian ini dapat menginduksi timbulnya berbagai penyakit
autoimun. Selain itu, beberapa virus memiliki kemampuan untuk menghindari sensor asam
nukleat sehingga replikasi virus tersebut dapat terus terjadi di dalam sel tanpa dapat dicegah.
Pada kondisi ini, ancaman infeksi letal pun menjadi tak terhindarkan.

Isi jurnal keempat

Judul jurnal keempat: The 2016 database issue of Nucleic Acids Research and an
updated molecular biology database collection. Other noteworthy contributions include
updates on Dfam, a database of human DNA repeat families; ARESite, a resource on AU-rich
elements in vertebrate UTRs; NPIDB, a nuclearprotein interaction database which proposes a
new classification of DNA-protein complexes, and such popular databases of transcriptional
regulation as JASPAR, HOCOMOCO,ORegAnnoandRegulonDB.Apotentiallyimportant new
contribution is the BIGNAsim database of DNA dynamics based on molecular dynamics
simulations usingtheParmBSC1forcefield(9).Aseparateblockofpapers features various RNA
databases, including resources on 5S rRNA, tRNA, piRNA, circular RNA, long noncoding
RNA and their interactions. This issue also presents updates on the widely used databases of
small molecules, NCBI’s PubChem and EBI’s ChEBI, and introduces SureChEMBL, the
recently createddatabase of chemicals found inpatent documents
.Twonewglycoinformaticsresources,theCarbohydrate Structure Database (CSDB) and the
International Glycan Structure Repository (GlyTouCan), collect knowledge and facilitate
further research on these important but oftenoverlooked compounds (45,46). Ten papers
describe various plant databases, including an update on the popular Plant Promoter Analysis
Navigator and Information Commons for Rice (IC4R), a compendium of Chinese databases
on all aspects of rice research . Finally, there are three databases on mitochondrial research:
MitoCarta and MitoMiner, two excellent databases of mitochondrial proteins, and MitoAge, a
database of mitochondrial DNA properties from various organisms.

ANALISIS

Jurnal pertama prospek masa depan metode isolasi dan kuantifikasi DNA/RNA pada
plasma/serum sangat krusial dalam analisis data. Dibutuhkan standarisasi teknik, evaluasi
dengan hati-hati, dan analisis data sesuai parameter umum seperti sensitifitas dan spesifisitas.
Isu tentang sediaan yang cocok antara plasma atau serum telah terpecahkan. Diharapkan
semua ini dapat menjadikan CNAPS sebagai salah satu teknik pemeriksaan laboratorium
rutin dalam identifikasi dan kuantifikasi DNA/RNA. Deteksi CNA memberi tantangan yang
memberi peluang besar jika dimanajerial secara adekuat.

Jurnal kedua perkembangan biologi molekuler semakin memudahkan peneliti untuk

memanipulasi, gen salah satunya dengan transfeksi yang bermanfaat untuk pengembangan
terapi gen. Pengiriman DNA dan RNA dengan transfeksi dapat dilakukan menggunakan
vektor virus, reagen kimia (seperti DEAE-dextran, kalsium fosfat, lipid kationik) atau
metode fisik dengan mikroinjeksi, elektroporasi dan pengiriman partikel biolistrik.
Keberhasilan transfeksi dapat dinilai menggunakan reporter seperti green fluorescence
protein (GFP). Keberhasilan transfeksi ditentukan oleh viabilitas sel, konfluensi dan jumlah
pasase sel yang akan ditransfeksi, serta kuantitas dan kualitas DNA plasmid.

Jurnal ketiga Asam nukleat adalah makromolekul kompleks yang tersusun atas rantai
nukleotida yang menyimpan informasi genetik dari suatu makhluk hidup (Alberts et al.,
2014). Asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid, DNA) dan asam ribonukleat
(ribonucleic acid, RNA) merupakan dua jenis asam nukleat yang dimiliki oleh makhluk
hidup. Secara umum, DNA merupakan material genetik yang terletak di dalam inti sel
manusia dan makhluk hidup lainnya, termasuk bakteri. Akan tetapi, berbeda dengan spesies
metazoan lainnya, sejumlah besar virus justru menggunakan RNA sebagai genomnya
(Alberts et al., 2014; Wagner et al., 2007). Contoh virus RNA yang terkenal adalah virus
influenza, virus hepatitis C, human immunodeficiency virus (HIV), dan virus dengue. Namun
demikian, beberapa virus seperti virus herpes dan virus hepatitis B memiliki genom yang
tersusun dari DNA.

Jurnal keempat The 2016 Database Issue of Nucleic Acids Research starts with
overviews of the resources provided by three major bioinformatics centers, the U.S. National
Center for Biotechnology Information (NCBI), the European Bioinformatics Institute
(EMBL-EBI) and Swiss Institute for Bioinformatics (SIB). Also included are descriptions of
62 new databases and updates on 95 databases that have been previously featured in NAR
plus 17 previously described elsewhere. A number of papers in this issue deal with resources
on nucleic acids, including various kinds of non-coding RNAs and their interactions,
molecular dynamics simulations of nucleic acid structure, and two databases of super-
enhancers. The protein database section features important updates on the EBI’s Pfam, PDBe
and PRIDE databases, as well as a variety of resources on pathways, metabolomics and
metabolic modeling. This issue also includes updates on popular metagenomics resources,
such as MG-RAST, EBI Metagenomics, and probeBASE, as well as a newly compiled
Human Pan-Microbe Communities database.

KESIMPULAN

Jurnal yang kami kritisi ini secara keseluruhan sudah baik, hanya saja perlu
penambahan lagi oleh penulisnya seperti menerakan saran untuk penelitian penelitian
selanjutnya.
REFERENSI

Daniel J.Rigden xose dkk,(2016), The 2016 database issue of Nucleic Acids Research and an
updated molecular biology database collection, Journal Nucleic Acids Research,
Vol 44

Legiran, (2017), Asam nukleat bebas untuk deteksi DNA dan RNA Dalam plasma dan
serum, Jurnal Kedokteran Kesehatan, Vol 04(03)

Novi Silvia Hardiani,(2016), Metode Transfer Asam Nukleat sebagai Dasar Terapi Gen,
Jurnal Kesehatan, Vol 04(3)

Usmar Rudi Arfiansyah,(2017), Sensor Asam Nukleat Sebagai Aktivator Imunitas Intrinsik
Terhadap Patogen Intraseluler, Jurnal Farmasi Gelenika, Vol 03(2)