Ujian Semester Bioinformatika Tentang Sekuensing DNA dengan menggunakan Mega X

Nama : Yohanes Eugenius H.

Nim : 18502034
1. Sekuens consensus, menggunakan Program MEGA X, berikan penjelasan ttg
sekuens hasil sekuensing tsb ?
Jawaban : Sekuens consensus adalah subsekuens yang paling muncul pada sekuens
DNA. Sekuens ini berguna untuk menentukan letak protein. Untuk mencari sekuens
konsensus harus di perhatikan posisi tiap basa dari sekuens DNA. Terdapat pola
tertentu untuk menentukan sekuens. Pencarian sekuen konsensus pada umumnya
dilakukan dengan cara menyejajarkan subsekuen DNA dan memberikan skor, sekuen
yang memberikan skor maksimum akan dijadikan sekuen konsensus. Pencarian skor
maksimum ini dapat dilakukan dengan pemrograman linier.

2. Berapa Panjang (bp) : 1. Sekuens Forward, 2. Sekuens Reverse, 3. Sekuens

consensus (hasil analisis dengan program MEGA X) ?
Panjang Sekuens Forward : 490 bp
Panjang Sekuens Reverse : 490 bp

Panjang Sekuens Consensus : 471 bp

3. Berdasarkan hasil BLAST, sekuens gen X memiliki kemiripan terdekat dengan
……….(nama species), dengan similarity …. %, Sekuens termirip tsb dilaporkan
oleh ..... dari negara ......... ?
Bedasarkan Hasil Blast Sekuens gen X memiliki kemiripan terdekat dengan Sus
scrofa dengan similarity 96,82 %,sekuens termirip tersebut di laporkan oleh
Molecular Biology and Bioinformatics Department, International Centre of Insect
Physiology and Ecology, Thika Road, Nairobi, Nairobi 00100, Kenya dari negara
Kenya
4. Buatlah pohon filogeni menggunakan program MEGA X, 15 sekuens termirip hasil
BLAST tsb dengan menggunakan : 1. Model Neighbor Joining, 2. Model Minimum
Evolution ?
 MH603005.1:6803-7238 Sus scrofa breed Fengjing mitochondrion complete genome
MN258706.1:6803-7238 Sus scrofa isolate HEBAO 01 mitochondrion complete genome
MK248682.1:6694-7129 Sus scrofa breed Andaman Desi pig mitochondrion complete genome
MK248681.1:6694-7129 Sus scrofa breed Nicobari pig mitochondrion complete genome
MK251046.1:6813-7248 Sus scrofa mitochondrion complete genome
MG250564.1:6785-7220 Sus scrofa isolate WZS973 mitochondrion complete genome
MG250562.1:6784-7219 Sus scrofa isolate WZS947 mitochondrion complete genome
MG250560.1:6773-7208 Sus scrofa isolate WZS809 mitochondrion complete genome
MG250559.1:6773-7208 Sus scrofa isolate WZS149 mitochondrion complete genome
MG250544.1:6773-7208 Sus scrofa isolate LUC201 mitochondrion complete genome
MG250543.1:6784-7219 Sus scrofa isolate LL7839 mitochondrion complete genome
MG250542.1:6773-7208 Sus scrofa isolate LL7105 mitochondrion complete genome
KX882041.1:127-562 Sus scrofa voucher MGL-37 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene partial cds mitochondrial
KX859283.1:152-587 Sus scrofa voucher MGL-141 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene partial cds mitochondrial
KT943507.1:5519-5954 Sus scrofa breed Hezuo mitochondrion complete genome
KX620012.1:6792-7227 Sus scrofa isolate Enshi365 mitochondrion complete genome
MT653633.1:6802-7237 Sus scrofa mitochondrion complete genome
MN624263.1:5520-5955 Sus scrofa mitochondrion complete genome
MT199606.1:6702-7137 Sus scrofa mitochondrion complete genome
MT199605.1:6692-7127 Sus scrofa breed yimenghei pig mitochondrion complete genome
Tugas Bioinformatika 1

0.50

Gambar Pohon filogeni Sus scrofa Model Neighbor Joining

dengan sekuens termirip hasil Blast

MN124249.1:137-572 Sus scrofa voucher Pork OD cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene partial cds mitochondrial
MH603005.1:6803-7238 Sus scrofa breed Fengjing mitochondrion complete genome
MN258706.1:6803-7238 Sus scrofa isolate HEBAO 01 mitochondrion complete genome
MK248682.1:6694-7129 Sus scrofa breed Andaman Desi pig mitochondrion complete genome
MK248681.1:6694-7129 Sus scrofa breed Nicobari pig mitochondrion complete genome
MK251046.1:6813-7248 Sus scrofa mitochondrion complete genome
MG250564.1:6785-7220 Sus scrofa isolate WZS973 mitochondrion complete genome
MG250562.1:6784-7219 Sus scrofa isolate WZS947 mitochondrion complete genome
MG250560.1:6773-7208 Sus scrofa isolate WZS809 mitochondrion complete genome
MG250559.1:6773-7208 Sus scrofa isolate WZS149 mitochondrion complete genome
MG250544.1:6773-7208 Sus scrofa isolate LUC201 mitochondrion complete genome
MG250543.1:6784-7219 Sus scrofa isolate LL7839 mitochondrion complete genome
MG250542.1:6773-7208 Sus scrofa isolate LL7105 mitochondrion complete genome
KX882041.1:127-562 Sus scrofa voucher MGL-37 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene partial cds mitochondrial
KX859283.1:152-587 Sus scrofa voucher MGL-141 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene partial cds mitochondrial
KT943507.1:5519-5954 Sus scrofa breed Hezuo mitochondrion complete genome
KX620012.1:6792-7227 Sus scrofa isolate Enshi365 mitochondrion complete genome
MT653633.1:6802-7237 Sus scrofa mitochondrion complete genome
MT199606.1:6702-7137 Sus scrofa mitochondrion complete genome
MT199605.1:6692-7127 Sus scrofa breed yimenghei pig mitochondrion complete genome
MN624263.1:5520-5955 Sus scrofa mitochondrion complete genome
Tugas Bioinformatika 1

0.50

Gambar Pohon Filogeni Sus scrofa model minimum evolution

dengan sekuens termirip hasil Blast