MOLVIEW

Disusun guna memenuhi

Tugas mata kuliah : Komputasi Kimia
Dosen Pengampu : Ella Izzatin

Disusun Oleh:

Yulia Widayanti (1808076051)

PENDIDIKAN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI WALISONGO
SEMARANG
2021
A. Pengertian MolView
Mol View adalah aplikasi web yang membantu siswa dan guru untuk memvisualisasikan
struktur molekul. Mol View dapat memvisualisasikan struktur secara 2D ke 3D di mana
pengguna dapat menggambar rumus struktur dan melihat konformer 3D yang dihasilkan. Mol
View dapat diakses secara gratis di Http://molview.org sejak 1 Juli 2014.

B. Petunjuk Penggunaan MolView

1. Menggamabar struktur lewis dari senyawa yang akan digunakan. Sebagai contoh kita akan
menggambar dari senyawa SO3. Struktur lewis dari SO3 adalah

2. Membuka situs Http://molview.org

3. Menggambar struktur SO3 di web tersebut. Kemudian kita dapat menggunakannya sesuai
dengan keinginan. Gambar dibawah merupakan gambar 2D dan 3D

Berikut merupakan beberapa menu dalam situs MolView:

a. Menggambar rumus struktur
MolView terdiri dari dua bagian utama, editor rumus struktur dan penampil model 3D.
Editor rumus struktural dikelilingi oleh tiga bilah alat yang berisi alat yang dapat Anda
gunakan di editor. Setelah Anda menggambar molekul, Anda dapat mengklik tombol 2D
ke 3D untuk mengubah molekul menjadi model 3D yang kemudian ditampilkan di
penampil. Di bawah ini adalah daftar semua alat sketsa.
Toolbar atas
• Sampah: bersihkan seluruh kanvas
• Penghapus: menghapus atom, ikatan atau seleksi saat ini
• Urungkan / ulangi: batalkan atau ulangi perubahan terbaru Anda
• Alat seleksi: semua alat ini dapat digunakan untuk menyeret pilihan saat ini atau
atom dan ikatan individu. Anda dapat menambah / menghilangkan atom dan ikatan ke
seleksi dengan mengkliknya. Jika Anda telah memilih fragmen terpisah, Anda dapat
memutarnya dengan menyeret atom dalam pemilihan. Anda dapat menghapus pilihan
menggunakan tombol DEL atau menggunakan alat penghapus. Setiap alat memiliki
perilaku yang berbeda untuk tombol kanan mouse:
• Menyeret: pindahkan seluruh molekul (Anda sudah dapat menggunakan tombol kiri
mouse untuk ini)
• Pilih persegi panjang: memilih atom dan ikatan menggunakan area pemilihan
persegi panjang
• Lasso pilih: memilih atom dan ikatan dengan menggambar area pemilihan tangan
bebas
• Mode warna: menampilkan atom dan ikatan menggunakan warna
• Mode lengkap: menampilkan semua atom C dan H, bukan tampilan kerangka
• Pusat: memusatkan seluruh molekul
• Bersih: membersihkan formula struktural menggunakan layanan eksternal
• 2D ke 3D: mengubah rumus struktur menjadi model 3D

Bilah alat kiri

 Obligasi: pilih salah satu jenis ikatan (tunggal, ganda, rangkap tiga, atas,
bawah) dan tambahkan atau modifikasi ikatan
 Fragmen: pilih salah satu fragmen (benzena, siklopropana, dll.) dan
tambahkan fragmen
 Rantai: membuat rantai atom karbon
 Biaya: kenaikan (+) atau penurunan (-) muatan atom
 Bilah alat kanan

Di toolbar ini Anda dapat memilih dari sejumlah elemen, Anda juga dapat memilih elemen
dari tabel periodik menggunakan tombol terakhir. Anda dapat menggunakan elemen untuk
membuat atom baru atau memodifikasi atom yang sudah ada.

b. Menemukan struktur

Anda dapat memuat molekul dari database besar seperti PubChem dan RCSB
menggunakan formulir pencarian yang terletak di sisi kiri bilah menu. Cukup ketik
apa yang Anda cari dan daftar molekul yang tersedia akan muncul.
Anda juga dapat mengklik tombol dropdown di sebelah kolom pencarian untuk
memilih database tertentu. Ini akan melakukan pencarian yang lebih ekstensif pada
database yang dipilih. Saat ini, tiga database besar didukung yaitu PubChem, Bank
Data Protein RCSB, Database Terbuka Kristalografi

c. Alat
Menu Alat berisi beberapa fungsi utilitas yang tercantum di bawah ini.
 Tautan
Anda dapat menyematkan atau membagikan senyawa, makromolekul, atau kristal
tertentu menggunakan URL atau kode HTML yang disediakan. Perhatikan bahwa
struktur yang ditautkan adalah yang saat ini ditampilkan di jendela model. Anda juga
dapat menyalin URL dari bilah alamat untuk ditautkan ke struktur saat ini.
 Ekspor
Opsi ekspor:
Gambar rumus struktur: snapshot sketsa (PNG dengan saluran alfa)
Gambar model 3D: snapshot model (PNG, saluran alfa di GLmol dan ChemDoodle)
File SDF: MDL Molfile dari model 3D (molekul umum)
File PDB: File Bank Data Protein dari model 3D (makromolekul)
File CIF: File Informasi Kristalografi dari model 3D (struktur kristal)

 Kartu informasi
 Ini mengumpulkan dan menampilkan informasi tentang rumus struktur saat ini
(dimuat dari Sketcher). Anda juga dapat menemukan referensi database untuk model
3D saat ini.
 Spektroskopi
Ini menunjukkan lapisan baru di mana Anda dapat melihat spektrum molekul dari
rumus struktur saat ini (dimuat dari Sketcher) Lebih detailnya dibahas di bab
Spektroskopi.
 Sumber daya model 3D
Ini mengarahkan Anda ke halaman web untuk model 3D saat ini di situs web
database sumbernya (kecuali jika model diselesaikan menggunakan Chemical
Identifier Resolver)
 Pencarian lanjutan
Fungsi ini memungkinkan Anda melakukan beberapa pencarian lanjutan melalui
database PubChem menggunakan rumus struktural dari pembuat sketsa.
Pencarian kesamaan: cari senyawa dengan rumus struktur yang mirip
Pencarian substruktur: mencari senyawa dengan struktur saat ini sebagai subset
Pencarian superstruktur: mencari senyawa dengan struktur saat ini sebagai
superset
6