LAPORAN PRAKTIKUM BIOMOLEKUL

ISOLASI DNA KROMOSOM DAN PLASMID

Oleh:
Nama : Syifa’un Najibah (201810301060)
Sephia Salsabila (201810301061)
Kelas : Biomolekul A
Kelompok : A2
Sub Kelompok : A2.3
Asisten : Kharisma Fitri K

LABORATORIUM BIOKIMIA
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS JEMBER
2022
BAB I PENDAHULUAN
 BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Mareual Safety Data Sheet (MSDS)
2.1.1 Asam Asetat Glasial (CH3COOH)
Asam asetat glasial berwujud cairan, tidak berwarna, dan berbau seperti cuka. Asam
asetat glasial memiliki pH 2,4 dengan titik didih sebesar 118°C dan titik lebur sebesar 17°C
serta memiliki massa molekul sebesar 60,05 g/mol. Senyawa ini memiliki densitas sebesar
1040 kg/m² dan larut dalam air. Asam asetat glasial termasuk bahan yang mudah terbakar dan
bersifat berbahaya baik terhadap lingkungan maupun makhluk hidup. Pertolongan pertama
bila terkontak dengan asam asetat glasial segera bilas dengan air mengalir ± 15 menit
(Pubchem, 2022).
2.1.2 Bromofenol Biru
Bromofenol biru berwujud cair, berwarna biru, dan tidak berbau. Bromofenol biru
memiliki berat molekul sebesar 669,96 g/mol, titik didih 279℃, titik lebur 273℃, serta pH 4.
Bromofenol biru berbahaya jika terkena mata dan kulit, serta terhirup. Pertolongan pertama
jka terkena mata dan kulit, bilas segera dengan banyak air bersih yang mengalir. Pertolongan
pertama jika terhirup, bawa korban ke luar ruangan yang berudara segar (Labchem, 2022).
2.1.3 Buffer TAE (Tris Acetate EDTA) atau Buffer Pembeban
Buffer TAE memiliki bentuk fisik berupa cairan dan dapat larut dalam air. Buffer
TAE mudah terbakar apabila berwujud padat dan gas. Bahan ini memiliki pH 8,3 dan banyak
digunakan dalam proses elektroforesis. Buffer TAE merupakan bahan yang berbahaya apabila
kontak dengan mata akan menyebabkan iritasi. Pertolongan pertama apabila terhirup dan
kontak dengan mata yaitu hirup udara segar serta bilas dengan air yang banyak daerah yang
terkontaminasi. Pertolongan pertama apabila kontak dengan kulit yaitu bilas area yang
terkontaminasi dengan air yang banyak selama 15 menit (Labchem, 2022).
2.1.4 DDH2O
DDH2O merupakan senyawa kimia yang memiliki sifat fisik dan kimia berupa cairan,
tidak berwarna, dan tidak berbau. Senyawa ini dapat menyebabkan iritasi jika mengenai mata
dan kulit. Penanganan pertama jika terkena mata dan kulit yang dapat dilakukan yaitu
membilas mata dan kulit dengan air mengalir selama 5-15 menit (Pubchem ,2022).
2.1.5 EDTA atau Ethylenediaminetetraacetic acid (C10H16N2O8)
EDTA memiliki bentuk cair, tidak berwarna dan tak berbau. Bahan ini memiliki
densitas kira kira 1,02 g/cm³ pada 20°C, kelarutan dalam air pada 20°C larut dan sifat peledak
bahan ini tidak diklasifikasikan sebagai bahan mudah meledak. Tindakan jika terhirup maka
hirup udara segar. Kontak dengan kulit, cuci dengan air yang banyak dan lepaskan pakaian
yang terkontaminasi. Kontak pada mata, bilaslah dengan air yang banyak. Tindakan jika
tertelan maka beri air minum kepada korban (paling banyak dua gelas) (Labchem, 2022).
2.1.6 EtBr atau Ethidium Bromide (C12H20BrN2)
Ethidium Bromide mempunyai rumus molekul C12H20BrN2. Bahan ini berbentuk
cairan dan berwarna orange bila dibawah paparan sinar UV. Bahan ini memiliki massa molar
394,294 g/mol. Etidium Bromida umum digunakan untuk pewarnaan DNA hasil
elektroforesis gel agarose. Penggunaan zat ini sangat berbahaya karena bersifat karsinogenik,
mutagenik, teratogenik, serta tidak mudah untuk di degradasi di alam. Bahan ini
diklasifikasikan sebagai bahan berbahaya. Pertolongann pertama jika terkena kulit yaitu cuci
dengaan air yaang banyak dan sabun yang banyak. Pertolongan pertama jika terkena mata yaa
iitu dibilas dengan air untuk beberapa menit. Lensa kontak dilepas jika memakainya
(Labchem, 2022).
2.1.7 Fenol (C6H6O)
Fenol merupakan senyawa kimia yang memiliki rumus molekul C 6H6O. Fenol
memiliki sifat fisik dan kimia berupa cairan, tidak berwarna, dan tidak berbau. Fenol memiliki
pH 6-7. Senyawa ini memiliki berat molekul sebesar 94,11 g/mol, titik didihnya sebesar
181,7°C. Titik lebur dari fenol sebesar 40,5°c dan berat jenis atau kerapatan sebesar 1 g/Ml.
Fenol dapat larut dalam air. Senyawa ini dapat menyebabkan iritasi jika mengenai mata dan
kulit. Penanganan pertama yang dapat dilakukan yaitu membilas mata dan kulit dengan air
mengalir selama 5-15 menit (Labchem,2022).
2.1.8 Isoamil alkohol
Isoamil alkohol merupakan bahan kimia berwujud cairan, tidak berwarna, dan berbau
tidak menyenangkan. Isoamil alkohol memiliki massa molekul 88 g/mol, titik lebur -147 ºC,
titik didih 130,7 ºC, dan densitas sebesar 0,81 g/cm3. Isoamil alkohol bersifat mudah terbakar,
bersifat korosif, dan menyebabkan iritasi, serta dapat larut dalam air. Penanganan pertama
apabila isoamil alkohol terkena mata, kulit, ataupun tertelan adalah segera bilas mulut atau
area yang terkontaminasi dengan air mengalir selama minimal 15 menit. Penanganan pertama
apabila isoamil alkohol terhirup adalah segera bawa korban ke area yang terbuka
(Labchem, 2022).
2.1.9 Kalium asetat (CH3COOK)
Kalium asetat berwujud padatan berupa serbuk kristal putih dan tidak berbau. Kalium
asetat memiliki massa molar 98.14 g/mol, titik lebur sebesar 292°C dan dapat larut dalam air,
etanol serta methanol. Kalium asetat dapat mengakibatkan sembelit apabila tertelan.
Penanganan jika tertelan yaitu memberikan minum maksimal 2 gelas dan segera hubungi
tenaga medis. Penanganan apabila terkena kulit atau mata yaitu dengan membasuh
menggunakan air mengalir selama 15 ment (Pubchem, 2022).
2.1.10 Kanamisin (C18H36N4O11)
Kanamisin adalah salah satu senyawa kimia yang berwujud padatan dalam bentuk
serbuk berwarna kuning cerah dan tidak berbau. Senyawa ini dapat larut di dalam air dengan
kelarutan sebesar 50 g/L. densitas massalnya sebesar 730 kg/m3, berat molekulnya yaitu 484
g/mol, dan tergolong senyawa yang tidak mudah meledak. Senyawa ini jika tertelan dapat
mengakibatkan gangguan pencernaan. Pertolongan pertama yang dapat dilakukan yaitu
korban diberi air sebanyak 2 – 3 gelas untuk mengencerkan senyawa yang tertelan dan segera
dapatkan pertolongan medis (Merck, 2022).
2.1.11 Na2EDTA (Natrium (II) EDTA)
Natrium (II) EDTA berwujud cair, tidak berwarna dan tidak berbau. Senyawa ini
memiliki berat molekul sebesar 372.24 g/mol dengan densitas sebesar 1,02 g/cm³ pada 20°C
dan larut dalam air. Natrium (II) EDTA diklasifikasikan sebagai preparat yang tidak
berbahaya menurut undang-undang Uni Eropa. Pertolongan pertama yang dilakukan setelah
terhirup segera mencari udara segar. Bilas dengan air pada bagian yang tidak sengaja
terkontak. Segera minum dan tidak memaksakan untuk muntah apabila tidak sengaja tertelan
(Labchem, 2022).
2.1.12 SDS (C12H25OSO3Na)
SDS atau sodium dedosil sulfat adalah salah satu senyawa kimia yang berwujud
padatan dalam bentuk serbuk berwarna putih atau berwarna kuning, serta berbau seperti
lemak. SDS memiliki kelarutan sebesar 10 gram dalam 100 gram air, serta bersifat korosif
sehingga mata yang terkena dapat mengalami iritasi dan kebutaan. Pertolongan pertama yang
dapat dilakukan yaitu dibilas mata dengan air mengalir selama 15 – 30 menit dan segera
dapatkan pertolongan medis (Labchem,2022).
2.1.13 Tris asetat
Tris asetat adalah salah satu senyawa berwujud padatan dalam bentuk serbuk berwarna
putih dan berbau seperti asetat. Senyawa memiliki berat molekul sebesar 181,2 gram/mol, dan
pH dengan rentang antara 6 sampai 7. Tris asetat sangat larut didalam air dengan kelarutan
sebesar 91 g/L pada suhu 20°C. Senyawa ini jika tertelan dapat mengakibatkan gangguan
pencernaan dan keracunan. Pertolongan pertama yang dapat dilakukan yaitu korban diberi air
sebanyak 2 – 3 gelas untuk mengencerkan senyawa yang tertelan dan segera dapatkan
pertolongan medis (Merck, 2022).
2.1.14 Tris klorida (NH2C(CH2OH)3 · Cl)
 Tris klorida adalah salah satu senyawa yang berwujud kimia yang berwujud padatan
dalam bentuk serbuk atau kristal berwarna putih. Senyawa ini memiliki rentang pH antara 3,5
sampai 5,5, titik lebur antara 150°C sampai 152°C, dan berat molekul sebesar 157,60 g/mol.
Senyawa ini sangat larut didalam air dengan kelarutan sebesar 101 g/100ml. Senyawa ini jika
tertelan dapat mengakibatkan gangguan pencernaan dan keracunan. Pertolongan pertama yang
dapat dilakukan yaitu korban diberi air sebanyak 2 – 3 gelas untuk mengencerkan senyawa
yang tertelan dan segera dapatkan pertolongan medis (Merck, 2022).
 BAB III METODOLOGI PERCOBAAN
3.1 Alat dan Bahan
3.1.1 Alat
- Alu dan mortar
- Beaker gelas
- Corong saring
- Gelas kimia
- Gelas ukur
- Mikropipiet (1000 µl, 20-200 µl dan 0.5-10 µl )
- Microtube
- Pengaduk
- Penyaring (tissue/kapas)
- Pipet tetes
- Pisau
- Spatula
- Tabung reaksi dan rak tabung reaksi
- Tip ( 1000 µl, 20-200 µl dan 0.5-10 µl)
3.1.2 Bahan
- Aquades
- Buah (Tomat, pisang,strowberi,)
- buffer pembeban 6×: bromofenol biru 0,25% (b/v) dan sukrosa 40% (b/v)
- Buffer TAE (40 mM Tris-asetat dan 1 mM Na2EDTA pH 8
- Deterjen (rinso, attack, bukrim)
- ddH2O
- Es batu
- Etanol 96%
- EtBr 250 μg/mL
- fenol
- Garam dapur (NaCl)
- isoamil alkohol
- kloroform
- larutan I (Glukosa 50 mM, Tris-Cl 2.5 mM pH 8, Na2EDTA 10 mM pH 8)
- larutan II (NaOH 0.2 N 20 µL, SDS 1% 100 µL, aquades steril 880 µL)
- larutan III (Kalium asetat 5M, asam asetat glasial, ddH2O dingin)
3.2 Diadram Alir
3.2.1 Isolasi Dna Kromosom

SDS Daging buah

ditambahkan dicampurkan dihancurkan

diaduk selama 15 ditambahkan
menit

60 ml akuades ditambahkan 100 ml akuades

diaduk selama 10 menit
1 spatula garam dapur

dsaring sebanyak 2 kali

Filtrat

ditambahkan

5 ml Etanol 96% dingin

disentrifugasi
dihasilkan
DNA Kromosom
3.2.2 Isolasi DNA Plasmid
dinokulasikan
E - coli 5 ml LB cair (2.5 µL)
)kanamisin
diinkubasi
disentrifugasi selama 2 menit
5 ml suspensi Pellet

disuspensi

larutan I (Glukosa 50 mM, Tris-Cl 2.5 mM pH 8, Na2EDTA 10 mM pH

8) 100 µL

dihomogenkan, didiamkan 5 menit, dan ditambahkan

200 µL larutan II (NaOH 0.2 N 20 µL, SDS 1% 100 µL, aquades steril
880 µL)

dihomogenkan, diinkubasi di dalam es selama 15 menit, dan

ditambahkan

150 µL larutan III (Kalium asetat 5M, asam asetat glasial, ddH2O
dingin)

dihomogenkan
diinkubasi di dalam es selama 10 menit
disentrifugasi selama 5 menit

Supermatan

dipindahkan perlahan ke tabung baru, dan

ditambahkan
campuran fenol : kloroform : isoamil alkohol (25:24:1)

dikocok, dan disentrifugasi selama 2 menit

Fasa cair

dipindahkan fasa cair dengan pipet, dan dipekatkan

etanol absolut dingin

diinkubasi di dalam es selama 1 jam, dan disentrifugasi

selama 5 menit
Pellet dicuci etanol dingin 70%
disentrifugasi, dikeringkan,
didiamkan 5 menit dan dilarutkan
30 µL ddH2O.
3.2.3 Analisis DNA Dengan Elektroforesis Gel Agarosa

dilarutkan
0,4 gram agarosa 40 mL bufer TAE (40 mM Tris-asetat dan 1
mM Na2EDTA pH 8

Didinginkan pada suhu 45 oC

Dituangkan pada cetakan
Dibiarkan memadat

Gel agarosa

Dilakukan elektroforesis dalam

bufer TAE pada tegangan 70−100
Sampel Volt

ditambahkan

bufer pembeban 1× (bufer pembeban 6×: Direndam selama 3 – 5

bromofenol biru 0,25% (b/v) dan sukrosa menit
40% (b/v)]

larutan EtBr 250

μg/mL
Direndam selama 5 – 10
menit

bufer TAE

Diamati dengan sinar

UV

Pita-pita DNA

3.3 Prosedur Kerja

3.3.1 Isolasi DNA Kromosom
Deterjen (SDS) dilarutkan ke dalam 60 ml aquades, diaduk perlahan selama 15 menit
dan jangan sampai berbusa. 100 gram daging buah diambil dan dihaluskan kemudian
ditambahkan 100 ml akuades. 4 ml larutan sabun dicampurkan dengan 4 ml jus buah,
kemudian ditambahkan 1 spatula garam dapur dan diaduk selama 10 menit sampai diperoleh
campuran yang homogen. Campuran yang dihasilkan disaring sebanyak 2 kali kemudian 6 ml
filtrat dimasukkan kedalam tabung reaksi dan ditambahkan dengan 5 ml etanol 96% dingin.
Proses timbulnya DNA diamati meliputi waktu yang diperlukan,bentuk, warna, srta banyak
sedikitnya DNA yang terbentuk
3.3.2 Isolasi DNA Plasmid
Koloni tunggal transforman E.coli diinokulasikan ke dalam 5 mL media LB cair yang
mengandung 2.5 µL kanamisin dan diinkubasi pada shaker incubator pada suhu 37 0C dengan
kecepatan 150 rpm selama 16 jam. 5 ml suspensi sel di sentrifugasi selama 2 menit dengan
kecepatan 10.000 rpm pada suhu 4 0C, Pellet disuspensi dengan larutan I (Glukosa 50 mM,
Tris-Cl 2.5 mM pH 8, Na2EDTA 10 mM pH 8) 100 µL dan dihomogenkan lalu didiamkan 5
menit. 200 µL larutan II (NaOH 0.2 N 20 µL, SDS 1% 100 µL, aquades steril 880 µL)
kemudian ditambahkan dan dihomogenkan dengan cara membolak balik tabung Eppendorf.
Larutan setelah itu diinkubasi didalam es selama 15 menit.kemudian ditambahkan 150 µL
larutan III (Kalium asetat 5M, asam asetat glasial, ddH2O dingin). Larutan kemudian
dinkubasi lagi didalam es selama 10 menit. Campuran tersebut disentrifugasi selam 5 menit
dengan kecepatan 12.000 rpm suhu 40C. Supernatan yang diperoleh dipindah secara perlahan
dengan menggunakan pipet kedalam tabung Eppendorf baru yang steril dan ditambahkan
campuran fenol : kloroform : isoamil alkohol (25:24:1) 1 kali volume total, dikocok sampai
terbentuk emulsi kemudian disentrifugasi lagi 12.000 rpm selama 2 menit. Hasil yang
diperoleh yaitu 3 lapis fasa, fasa paling bawah adalah fasa organik, fasa tengah adalah suatu
emulsi putih dan fasa paling atas adalah fasa cair. Fasa cair dipindahkan dengan cara
mempipet secara hati-hati kedalam tabung eppendorf baru yang steril, kemudian dipekatkan
dengan penambahan etanol absolut dingin 2 kali volume total, dan diinkubasi lagi dalam es
selama 1 jam. Campuran disentrifugasi dengan kecepatan 12.000 rpm selama 5 menit
kemudian pellet dicuci dengan etanol dingin 70% dan disentrifugasi lagi, setelah itu tabung
eppendorf dikeringkan dari etanol dengan cara membalikkan tabung dan didiamkan selama 5
menit. Pellet kemudian dilarutkan dalam 30 µL ddH2O.
3.3.3 Analisis DNA Dengan Elektroforesis Gel Agarosa
Gel agarosa 1% dibuat dengan melarutkan 0,4 g agarosa dalam 40 mL bufer TAE (40
mM Tris-asetat dan 1 mM Na2EDTA pH 8). Stok buffer TAE 5X dapat dibuat dengan : 24.2
gr, 5.72 mL asam asetat glasial dan 10 mL EDTA (pH 8) dengan pemanasan. Agarosa yang
telah larut kemudian didinginkan sampai kira-kira temperatur 45 oC, selanjutnya gel
dituangkan pada cetakan dan dibiarkan memadat. Sampel yang akan dielektroforesis
dicampur dengan bufer pembeban 1× (bufer pembeban 6×: bromofenol biru 0,25% (b/v) dan
sukrosa 40% (b/v)]. Elektroforesis dilakukan dalam bufer TAE pada tegangan 70−100 Volt.
Elektroforesis dihentikan ketika bromofenol biru telah bermigrasi kira-kira 2/3 dari panjang
gel. Gel agarosa kemudian direndam dalam larutan EtBr 250 μg/mL selama 3−5 menit,
selanjutnya direndam dalam bufer TAE selama 5−10 menit atau aquades. Pita-pita DNA
dapat diamati dengan sinar UV.
 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil
4.1.1 Isolasi DNA Kromosom
No Perlakuan Jus Pisang Jus Stroberi
1 Ditambahkan larutan deterjen Larutan berwarna kuning Larutan berwarna
keruh dan terdapat merah keruh dan
endapan yang tidak larut endapan sedikit larut
2 Ditambahkan garam dapur Larutan berwarna kuning Larutan berwarna
pucat dan endapan larut merah dan endapan
larut
3 Disaring Larutan berwarna putih Larutan berwarna
bening coklat bening
4 Ditambahkan etanol Terbentuk 3 fasa dan Terbentuk 3 fasa dan
gumpalan seperti awan gumpalan seperti
berwarna putih dibagian awan berwarna
tengah kecoklatan dibagian
tengah
5 Disentrifugasi Larutan tidak berwarna Larutan tidak
dan terdapat gumpalan berwarna dan terdapat
berwarna putih di dasar gumpalan berwarna
tabung coklat di dasar tabung

4.2 Pembahasan
Praktikum kali ini yaitu tentang isolasi DNA kromosom dan plasmid. Tujuannya yaitu
melatih kemampuan mahasiswa untuk mengisolasi DNA kromosom dan plasmid, memahami
dan mengetahui berat molekul DNA romosom dan plasmid, serta membedakan DNA
kromosom dan plasmid.
Percobaan pertama yaitu isolasi DNA kromosom dengan menggunakan sampel dari
buah pisang dan stroberi. Tujuan pemilihan sampel pisang dan stroberi karena didalam
tumbuhan pun juga terdapat DNA selain itu sampel yang digunakan mudah untuk didapatkan,
Prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen -
komponen sel lain perlakuan pertama yaitu dilarutkan SDS ke dalam aquades kemudian
diaduk selama 15 menit dan jangan sampai berbusa. Tujuannya yaitu untuk mempermudah
proses reaksi yang akan dilakukan karena jika suatu bahan atau senyawa yang akan digunakan
masih dalam bentuk padatan maka harus diubah terlebih dahulu menjadi larutan. Pengadukan
berfungsi untuk mempercepat proses palarutan karena tumbukan antar partikel yang terjadi
akan semakin cepat dengan adanya gaya kinetik sehingga padatan dalam larutan akan lebih
cepat larut sedangkan pengadukan jangan sampai timbul busa sendiri bertujuan agar saat
proses reaksi berlangsung tidak mempengaruhi hasil reaksi yang terbentuk. Perlakuan kedua
yaitu diambil daging buah pisang dan stroberi kemudian dihaluskan setelah itu ditambahkan
dengan 100 ml aquades. Perlakuan ini bertujuan untuk mendapatkan hasil ektrak dari sampel
buah yang diinginkan .
Perlakuan ketiga yaitu 4 ml masing – masing jus buah dicampurkan dengan 4 ml
larutan deterjen atau SDS, tujuannya untuk melisiskan membran sel dan membebaskan isinya.
Perubahan yang terjadi yaitu jus pisang yang awalnya berwarna kuning berubah menjadi
berwarna kuning keruh dan terdapat endapan, sedangkan jus stroberi awalnya berwarna merah
berubah menjadi merah keruh dan terdapat endapan yang sedikit larut. Perubahan yang terjadi
ini menandakan bahwa dinding sel dari sampel telah terlisis dan membebaskan isi – isinya.
Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen dapat
menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik
detregen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein
kompleks. Macam-macam detergen yang digunakan juga berpengaruh pada hasil dari isolasi
DNA dengan kualitas baik karena kandungan pada masing masing detergen berbeda. Proses
lisis dengan menggunakan detergen, sering digunakan sodium dodecyl sulphate (SDS)
sebagai tahap pelisisan membran sel. Detergen tersebut selain berperan dalam melisiskan
membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi aktivitas enzim nuklease yang
merupakan enzim pendegradasi DNA

Gambar 4.1 Pencampuran Sampel Dengan Deterjen

Perlakuan keempat yaitu ditambahkan 1 spatula garam dapur kemudian diaduk selama
10 menit sampai diperoleh campuran yang homogen. Garam dapur atau NaCl berfungsi untuk
memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan mengendapkan DNA sewaktu dicampur
dengan ethanol. Pemurnian atau purifikasi DNA dapat pula dilakukan dengan mencampurkan
larutan DNA tersebut dengan NaCl. Hasil yang diperoleh yaitu larutan jus pisang berwarna
kuning pucat dan endapannya larut sedangkan jus stroberi larutannya berubah menjadi merah
pucat dan endapannya larut
 Perlakuan kelima yaitu disaring larutan tersebut sebanyak 2 kali. Tujuan penyaringan
ini adalah untuk mendapatkan hasil filtrat yang murni dan terbebas dari pengotornya selai itu
yang akan digunakan dalam praktikum ini hanyalah filtratnya saja. Penyaring akan menahan
zat padat yang mempunyai ukuran partikel lebih besar dari pori – pori saringan dan
meneruskan pelarut. Dalam filtrasi penyaringan biasanya dilakukan dengan kertas
saring. Penyaringan ini akan menghasilkan hasil filtrasi (filtrat) yang biasanya bening dan
residu (ampas). Hasil yang diperoleh dari perlakuan ini yaitu jus pisang menghasilkan filtrat
berwarna putih bening sedangkan jus buah stroberi menghasilkan filtrat berwarna coklat
bening.

Gambar 4.2 Proses Penyaringan

Perlakuan keenam yaitu filtrat masing masing sampel ditambahkan 5 ml etanol 96%
dingin. Tujuan penambahan etanol yaitu untuk mempresipitasi DNA pada fase aquoeus
sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan
sentrifugasi. Presipitasi juga berfungsi untuk menghilangkan residu-residu yang berasal dari
tahapan ekstraksi. Prinsip-prespitasi yaitu menurunkan kelarutan asam nukleat dalam air. Hal
ini dikarenakan molekul air yang polar mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus.
Muatan dipole positif dari air berinteraksi dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester
DNA. Interaksi ini meningkatkan kelarutan DNA dalam air. Hasil yang diperoleh yaitu
terbentuk 3 fasa dan gumpalan seperti awan dibagian tengah pada kedua sampel. Jus pisang
menghasilkan gumpalan berwarna putih sedangkan jus stroberi menghasilkan gumpalan
berwarna coklat. Gumpalan yang terbentuk menandakan bahwa DNA kromosom dalam
percobaan ini bergasil diisolasi.
Perlakuan terakhir dalam percobaan ini yaitu dilakukan sentrifugasi pada kedua
sampel. Perlakuan ini bertujuan untuk memisahkan DNA kromosom dengan kelarutannya
berdasarkan berat molekulnya. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. molekul yang mempunyai beratmolekul besar akan
berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.
Hasil yang diperoleh pada kedua sampel yaitu larutan bening dan terdapat gumpalan di dasar
tabung. Gumpalan pisang berwarna putih sedangkan gumpalan jus stroberi berwarna coklat.
Gumpalan tersebut adalah DNA yang telah terpisah dari larutannya akibat berat molekul
DNA kromosom yang besar. Percobaan ini telah sesuai dengan literatur menurut Widyastuti
(2017) yang menyatakan bahwa DNA kromosom dapat terpisah dari larutannya dengan cara
sentrifugasi diakibatkan dari adanya perbedaan berat molekul
 BAB V PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Kesimpulan yang dapat diambil dari praktikum ini yaitu :
5.1.1 Isolasi DNA adalah proses pemisahan DNA yang diinginkan dari molekul yang tidak
diinginkan. Isolasi DNA yang diinginkan dalam praktikum ini yaitu DNA kromosom
dan DNA plasmid
5.1.2 Pemisahan DNA kromosom dan plasmid dapat menggunakan cara sentrifugasi
berdasaarkan berat molekul. Berat molekul DNA kromosom dan plasmid akan berada
di dasar tabung karena kedua DNA tersebut memiliki berat molekul lebih bessar dari
larutannya
5.1.3 DNA penyusun dibagi menjadi dua yaitu DNA kromosom dan DNA plasmid yang
dibungkus oleh dinding sel (pada bakteri) atau dibungkus oleh protein tertentu (pada
virus). Kromosom eukariot berbentuk linear sedangkan kromosom prokariot
berbentuk sirkular. Kromosom prokariot juga mengandung satu atau lebih plasmid.
Plasmid merupakan mulekul DNA sirkular dengan ukuran yang jauh lebih kecil
dibanding kromosom yang berbentuk untai ganda helix
5.2 Saran
Saran yang dapat diberikan untuk praktikum selanjutnya yaitu saat menghaluskan
sampel buah dapat menggunakan blender agar mendapatkan ekstrak yang lebih halus dan
dapat lebih mengefisiensi waktu dalam praktikum. Isolasi harus dilakukan lebih hati – hati
lagi agar DNA kromosom dan plasmid tidak terkontaminasi oleh kontaminan. Penyiapan
agarosa dapat dilakukan lebih awal agar saat waktu praktikum bisa langsung digunakan dang
lebih menghemat waktu saat praktikum.
 DAFTAR PUSTAKA

Labchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Bromophenol blue. [Serial Online].

www.labchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Labchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Ethydium bromide. [Serial Online].

www.labchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Labchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Ethylenediaminetetraacetic acid.

[Serial Online]. www.labchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Labchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Phenol. [Serial Online].

www.labchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Labchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Isoamil alcohol. [Serial Online].

www.labchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Labchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Sodiuml deodecyl sulfate. [Serial Online].

www.labchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Labchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Tris Acetate EDTA . [Serial Online].

www.labchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Merck. 2022. Material Safety Data Sheet of Kanamycin . [Serial Online].

www.MerckMilipore.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Merck. 2022. Material Safety Data Sheet of Tris acetatce . [Serial Online].

www.MerckMilipore.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Merck. 2022. Material Safety Data Sheet of Tris chloride . [Serial Online].

www.MerckMilipore.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Pubchem. 2022. Material Safety Data Sheet of DDH2O. [Serial Online]. www.Pubchem.com.

Diakses pada 20 Mei 2022.

Pubchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Glacial Acetic Acid. [Serial Online].

www.Pubchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Pubchem. 2022. Material Safety Data Sheet of Pottasiium acetate.

[Serial Online]. www.Pubchem.com. Diakses pada 20 Mei 2022.

Widyastuti, D. A. 2017. Isolasi DNA Kromosom Salmonella sp. dan visualisasinya pada

elektroforesis gel agarosa. Pendidikan Biologi dan Saintek

 LAMPIRAN

Lembar Pengamatan

1. Isolasi DNA Kromosom

No Perlakuan Jus Pisang Jus Stroberi

1 Ditambahkan larutan deterjen
2 Ditambahkan garam dapur
3 Disaring
4 Ditambahkan etanol
5 Disentrifugasi
Larutan berwarna kuning Larutan berwarna
keruh dan terdapat merah keruh dan
endapan yang tidak larut endapan sedikit larut
Larutan berwarna kuning Larutan berwarna
pucat dan endapan larut merah dan endapan
larut
Larutan berwarna putih Larutan berwarna
bening coklat bening
Terbentuk 3 fasa dan Terbentuk 3 fasa dan
gumpalan seperti awan gumpalan seperti
berwarna putih dibagian awan berwarna
tengah kecoklatan dibagian
tengah
Larutan tidak berwarna Larutan tidak
dan terdapat gumpalan berwarna dan terdapat
berwarna putih di dasar gumpalan berwarna
tabung coklat di dasar tabung