Sabita Nur Khofifah Syaidanna

225070507111013
A

TUGAS BIOMOLL
Gen and Genome Editing

1. Jelaskan beberapa cara menyunting gen dan genom (antara lain dari kuliah "cloning"
Bu Valen dan tautan di atas).

2. Lebih sulit namun telah dilakukan adalah mengubah kodon dan membuat genom
sintetis seperti yang terlampir pada pdf. Tuliskan singkat apa yang dapat anda pahami
(bukan yang anda "translate"/terjemahan) dari pdf terlampir.

3. Berikut adalah penerapan genome editing (Crispr-Cas9) untuk riset dan terapi sickle
cell disease (nejmoa2031054.pdf) Jelaskan prinsip terapi menggunakan gene/genome
editing SCD.

Jawaban :
1. Namun meskipun secara teori ini adalah ide yang sederhana, namun dalam
praktiknya hal ini jauh lebih sulit ketika upaya pertama dalam penyuntingan gen
dimulai pada tahun 1960an dan Pada tahun 70an, baru pada tahun 1994 metode
penyuntingan gen yang andal dikembangkan. Teknologi penyuntingan gen yang
pertama ini adalah zinc finger nucleases yang merupakan protein yang dirancang
khusus dan terdiri dari dua bagian, yaitu bagian pengikat DNA atau domain yang
memberi tahu protein secara tepat di mana pada DNA. untuk mengikat serta
domain pembelahan DNA yang benar-benar memotong DNA biasanya
mengandung enzim gunting yang disebut fluk1 tahun kemudian para ilmuwan
menemukan teknologi pengeditan gen yang lebih baik yang dikenal sebagai cakar
yang mirip dengan inti jari seng tetapi lebih mudah untuk direkayasa karena
cakar mengenali dengan tepat satu pasangan basa per modul dibandingkan
dengan inti jari seng yang mengenali tiga pasangan basa per modul namun hanya
beberapa tahun setelah cakar dikembangkan, teknologi penyuntingan gen besar
ketiga ditemukan, ini sangat efisien dan sangat spesifik dan lucunya para
ilmuwan yang menemukan teknologi ini bahkan tidak bermaksud untuk
melakukan pengeditan gen. Perhatikan baik-baik pada akhir tahun 1980an para
ilmuwan sedang mempelajari urutan DNA bakteri dan mereka melihat sesuatu
yang aneh pada sekitar 40 bakteri yang tampaknya merupakan kelompok yang
teratur. rangkaian pengulangan yang berjarak khususnya rangkaian yang dapat
dibaca maju dan mundur yang sama dikenal sebagai palindrom di antara
pengulangan ini adalah rangkaian DNA yang tampaknya acak yang oleh para
ilmuwan diputuskan untuk disebut spacer dan wilayah ini sangat aneh sehingga
para ilmuwan memutuskan untuk memberinya nama yang dikelompokkan
secara tidak kreatif. secara teratur pengulangan palindromik pendek berbasis
minat atau susunan crispr tetapi selama bertahun-tahun para ilmuwan tidak
Sabita Nur Khofifah Syaidanna
225070507111013
A

mengetahui mengapa susunan crispr ada di sana. Mereka fokus secara ekstensif
pada pengulangan palindromik tetapi ternyata rahasianya ada pada spacer yang
dimiliki salah satu ilmuwan khususnya francisco mojica dari spanyol menyadari
bahwa spacer ini sebenarnya sama persis dengan DNA yang ditemukan pada
virus khususnya virus yang menginfeksi bakteri yang disebut bakteriofag.
Pengamatan ini menunjukkan kepadanya bahwa mungkin crispr bertindak
sebagai semacam sistem kekebalan bagi bakteri yang entah bagaimana selama
infeksi akteriofag bakteri tersebut mampu melakukannya. potong sebagian DNA
virus dan masukkan bagian ini ke dalam genom bakteri itu sendiri sehingga ia
akan memiliki ingatan akan penyerbu ini dan dapat bertahan lebih baik
melawannya di masa depan dan mojica ternyata benar-benar tepat seperti ini.
Cara kerjanya adalah ketika virus menginfeksi bakteri, bakteri tersebut
menggunakan kompleks protein yang disebut protein terkait crispr 1 dan 2 atau
hanya melemparkan 1 dan 2 untuk mengidentifikasi DNA virus ini dan
memotong segmen yang kemudian dimasukkan ke bagian depan susunan crispr.
sebagai spacer agar bakteri memiliki catatan virus ini sebagai referensi sebelum
DNA diintegrasikan sebagai spacer disebut proto spacer dengan arti proto
sebelumnya tapi bagaimana sebenarnya bakteri menggunakan susunan crispr
buku memori ini sebagai bentuk pertahanan para ilmuwan menemukan bahwa
selama infeksi virus, susunan crispr pada bakteri ditranskripsi menjadi rna yang
panjang, rna yang panjang ini kemudian diproses menjadi rna yang lebih kecil
yang disebut rna crispr yang masing-masing berisi urutan yang cocok dengan
virus rna, pemrosesan ini sebagian besar dilakukan oleh rna lain yang dikenal
sebagai transaktivasi crispr rna atau tracer rna crispr rna dan tracer rna
kemudian keduanya berikatan dengan protein yang disebut cas9 yang bertindak
sebagai gunting untuk memotong dna seluruh kompleks ini kemudian memindai
sepanjang dna dan jika ada urutan yang cocok dengan crispr rna maka DNA
tersebut akan dipotong beginilah cara bakteri menggunakan crispr untuk
memotong DNA virus sebagai pertahanan [Musik] tetapi para ilmuwan belum
selesai dua ilmuwan jennifer downer dari uc berkeley dan emmanuel
chapentiere dari universitas umea di swedia bertanya pada diri sendiri
bagaimana jika kita bisa menggabungkan crispr rna dan pelacak rna menjadi
satu panduan tunggal rna dan saat mereka menanyakan pertanyaan ini mereka
perlahan-lahan menyadari kekuatan dari pertanyaan ini jika memang
memungkinkan untuk membuat panduan rna maka mereka menyadari bahwa
mereka akan dapat melampirkan panduan tunggal rna apa pun ke cas9 dan cas9
akan menemukan dan memotong urutan DNA yang cocok sehingga mereka
melakukannya dengan menggunakan loop penghubung sederhana untuk
menggabungkan rna crispr dan rna pelacak dan rna pemandu tunggal yang
direkayasa ini bekerja dengan sangat baik, lampirkan rna pemandu apa pun ke
cas9 dan Anda dapat memotong DNA yang sesuai ini sistem kekebalan bakteri
dapat dimanfaatkan untuk pengeditan gen dan teknologi ini tidak terbatas pada
pemotongan saja. Ternyata para ilmuwan dapat menggunakan versi castline yang
sudah mati yang dapat mengikat DNA tertentu tetapi tidak benar-benar
Sabita Nur Khofifah Syaidanna
225070507111013
A

memotongnya. Para ilmuwan kemudian dapat menggabungkan protein aktivator

pada cas9 mati yang memaksa gen yang menempel menjadi lebih aktif dan
mentranskripsikan lebih banyak rna dengan cara yang sama mereka dapat
menempelkan protein penghambat yang mematikan gen target. Para ilmuwan
bahkan dapat menempelkan protein fluoresen yang bersinar ke cas9 yang paling
umum disebut gfp sehingga para ilmuwan dapat melihat dengan jelas di mana
protein cast 9 terikat masih ada satu pertanyaan yang perlu dijawab meskipun
jika kompleks cast 9 memotong DNA apa pun yang cocok dengan panduan rna
lalu mengapa crispr tidak memotong pada array yang lebih renyah dengan baik
ternyata ketika dilemparkan 1 dan cast 2 memotong protospacer dari DNA virus
pertama-tama mereka selalu memotong sebuah titik sehingga urutan yang
berdekatan adalah ngg dimana n dapat berupa nukleotida apa pun yang
berikatan dengan tc atau g dengan cara itu kapan saja cast9 mencari urutan DNA
yang cocok dengan panduannya rna bukan hanya urutan rna panduannya yang
harus cocok tapi juga harus ada ngg tepat di sebelahnya di dna array crisprnya
sendiri tidak mengandung ngg apa pun jadi tidak beresiko terpotong oleh cas9
urutan ngg ini adalah sebuah pola atau motif yang cor 9 carinya berdekatan
dengan protospacer maka dari itu disebut motif protospacer berdekatan atau
urutan pam dan itu crispr cas9 lebih efisien daripada sinkronisasi inti jari dan
cakar di seluruh kompleks protein tidak harus direkayasa kita hanya perlu untuk
memberikan panduan kecil rna untuk menghasilkan 9 dan para ilmuwan masih
mencoba untuk membuat proses ini lebih baik lagi misalnya beberapa ilmuwan
seperti david liu dari universitas harvard menyadari bahwa daripada memotong
DNA kita dapat dengan lebih mudah mengubah basa nitrogen secara kimia untuk
memperbaikinya mutasi sebuah proses yang dikenal sebagai pengeditan dasar,
bahkan ada teknik yang disebut pengeditan utama yang melakukan penghapusan
penyisipan dan pertukaran basis, semuanya tanpa jeda ganda. Sudah jelas bahwa
crispr cas9 adalah teknologi yang ampuh tidak hanya untuk mengobati penyakit
tetapi juga berpotensi membuat tanaman lebih kuat dan masih banyak lagi tetapi
kita harus berhati-hati terlebih dahulu karena spesifisitas dari crispr cast 9 tidak
sempurna sehingga selalu ada risiko melakukan pengeditan di luar target yang
tidak diinginkan terlebih lagi pengeditan gen mungkin sebenarnya berbahaya
bagi spesies manusia karena secara tidak sengaja dapat menyebabkan kerusakan
permanen yang tidak diinginkan. perubahan pada DNA kita dan bahkan
mengubah evolusi manusia khususnya jika DNA sperma dan sel telur diedit,
perubahan apa pun akan diturunkan ke generasi mendatang yang mungkin
menyebabkan konsekuensi yang tidak dapat diperbaiki tetapi sains tidak
berhenti dan teknologi terus berkembang, semua berkat pemikiran kreatif dan
kolaborasi ratusan ilmuwan di seluruh dunia dan siapa tahu mungkin ilmuwan
yang akan mencapai prestasi ini di masa depan sedang menonton video ini
sekarang terima kasih telah menonton jika Anda berhasil sejauh ini
pertimbangkan untuk berlangganan dan berbagi dengan teman Anda setiap
video membutuhkan waktu lebih dari 100 berjam-jam untuk membuatnya,
Sabita Nur Khofifah Syaidanna
225070507111013
A

terima kasih banyak karena telah membantu komunitas ini tumbuh dan
memupuk kecintaan terhadap biologi.

2. Mengubah kodon atau membuat genom sintesis dengan kode genetik yang telah
dimodifikasi. Kodon dapat ditetapkan ulang untuk menggabungkan asam amino
nonkanonik sintetik seperti pengikatan logam, penandaan fluoresen, dan
konjugat terapeutik. Nanti mikroba-mikrobanya akan menjadi pabrik yang
mereplikasi diri untuk memproduksi protein perancang secara berkelanjutan.

3. Prinsip terapi menggunakan gene/genome editing pada penyakit sel sabit (SCD)
melibatkan manipulasi genetik untuk memperbaiki atau mengganti bagian-
bagian dari genom yang bertanggung jawab atas penyakit ini. SCD disebabkan
oleh mutasi pada gen hemoglobin, yang menyebabkan sel darah merah
berbentuk tidak normal dan sulit untuk mengangkut oksigen. Prinsip utama
terapi gene editing SCD:

1. Identifikasi Mutasi Genetik:

- Langkah pertama adalah mengidentifikasi mutasi spesifik pada gen
hemoglobin yang menyebabkan SCD. Dalam kasus SCD, mutasi pada gen HBB
(yang mengkode hemoglobin) adalah penyebab utama.

2. Desain Oligonukleotida/CRISPR:
- Oligonukleotida atau sistem CRISPR-Cas9 dirancang untuk menyunting atau
mengganti sekuens DNA yang bermutasi. Oligonukleotida dapat digunakan untuk
memperbaiki mutasi, sementara sistem CRISPR-Cas9 memungkinkan
penghapusan, penambahan, atau penggantian sekuens DNA.

3. Pengiriman Alat Editing Gen ke Sel:

- Sistem editing gen yang telah dirancang (CRISPR-Cas9 atau lainnya) dan
oligonukleotida harus diantarkan ke dalam sel target. Ini bisa dilakukan melalui
berbagai metode pengiriman seperti vektor virus atau teknik lainnya.

4. Editing Gen dalam Sel:

- Setelah alat-alat editing gen masuk ke dalam sel, mereka bekerja untuk
memotong, menambahkan, atau mengganti sekuens DNA sesuai dengan desain.
Pada dasarnya, ini memungkinkan untuk memperbaiki mutasi yang
menyebabkan SCD.

5. Reparasi DNA:
- Setelah pemotongan DNA oleh sistem editing gen, sel menggunakan
mekanisme perbaikan DNA alami untuk mereparasi potongan-potongan
tersebut. Proses inilah yang memungkinkan perbaikan mutasi yang diinginkan.

6. Pemantauan dan Seleksi Sel:

Sabita Nur Khofifah Syaidanna
225070507111013
A

- Setelah proses editing, sel-sel yang telah mengalami perubahan genetik

dianalisis untuk memastikan bahwa perbaikan atau penggantian sekuens DNA
telah dilakukan dengan benar. Sel yang berhasil diedit kemudian dipilih untuk
perkembangan lebih lanjut.