Dalam pelaksanaan BKI, prinsip-prinsip yang digunakan bersumer dari ajaran
utama umat Islam, yaitu al-qur’an dan hadis yang kemudian dilengkapi dengan hasil penelitian dan pengalaman praktis berkaitan dengan hakikat manusia, perkembangan serta kahidupan manusia dalam konteks social budaya. Berikut prinsip-prinsip bimbingan dan konseling Islam dibagi menjadi dua , secara universal dan di sekolah yakni; 1. Prinsip secara universal (umum) a. Manusia ada di dunia bukan adadengan sedndirinya, tetapi ada yang menciptakan yaitu Allah SWT. b. Manusia dalah hamba Allah yang harus selalu beribadah kepada-Nya sepanjang hayat. c. Allah menciptakan manusia dengan tujuan agar manusia melaksanakan amanah dalam bidang keahlian masing-masing sesuai ketuhanan-Nya d. Manusia sejak lahir dilengkapi dengan fitroh berupa iman sebagai penyelamat hidup manusia di dunia dan akhirat. e. Iman perlu dirawat dengan memahami dan mentaati perintah Allah. f. Islam mengakui bahwa pada diri manusia ada sejumlah dorongan yang perlu dipenuhi, tetapi dalam pemenuhannya diatur sesuai tuntunan Allah. g. Dalam BKI seyogyanya individu dibantu agar secara bertahap mampu memahami dan mengamalkan aaran agama secara benar, karena islam mengajarkan agar umatnya saling menasehati dan tolong menolong dalam hal kebaikan. 2. Prinsip BKI di sekolah a. BKI perlu memperhatikan sikap dan tingkahlaku individu dengan segala perbedaan dan kebutuhan yang menjadi sasaran kegiatan pelayanan. b. Program BKI harus disusun sedemikian rupa sehingga sesuai dengan program pendidikan di sekolah, fleksibel serta dapat berkembang secara optimal sehingga dapat memecahkan masalah yang dihadapi. c. Semua individu berhak mendapatkan pelaksanaan BKI dan segala keputusan yang diambil berpusat pada keputusan peserta didik. d. Petugas BKI memiliki pengetahuan dan keterampilan serta pengalaman yang memadai tentang berbagai metode BKI serta menggunakannya secara tepat. Bimbingan dan konseling islam berprinsip pada pembentukan dan peningkatan iman dan takwa kepada Allah (diemnsi spiritual).