Soal Diskusi Teori BMB Minggu 14

Nama Anggota Kelompok :

1. Sheila Thresia Manurung (110122297) - Kp B

2. Najwa Aulia Sabrina (110122255) - Kp B
3. Seyla Hiariej (110122017) - Kp B
4. Titin Batmomolin (110122365) - Kp B

Soal :

1. Sebutkan peran proteomik dalam bidang kesehatan !

2. Sebutkan keunggulan proteomik dibanding genomik !

3. a. Sebutkan fungsi SDS dan pemanasan pada tahap awal persiapan sampel pada SDS-PAGE !

b. Bagaimanakah prinsip pemisahan/migrasi protein pada stacking gel dan resolving gel ?

4. Buatlah skema pemisahan protein menggunakan 2D gel !

Jawaban :

1). Peran proteomik dalam bidang kesehatan :

● Sebagai model dan prediksi interaksi hubungan antara senyawa aktif dengan aktivitasnya

● Prediksi kesehatan dan penyakit

● Sebagai biomarker (kanker)

● Pengembangan terapi obat karena mayoritas target obat adalah protein

● Sebagai terapi antikanker dan antivirus

2). Keunggulan proteomik dibanding genomik :

1. Proteomik lebih baik digunakan untuk mendiagnosis karena menggunakan protein.

Dimana protein lebih mendekati penyakit yang sebenarnya , sehingga dapat
mempermudah untuk mendeteksi suatu penyakit secara dini dibandingkan dengan
genomik
2. Proteomik juga dipilih sebagai pilihan alternatif terapi karena responnya dan
penanganannya lebih bagus dan lebih baik dibanding genomik
3. Proteomik juga lebih cocok dalam pencegahan, efek samping, dan monitoring dibanding
genomik
4. Proteomik juga dilihat dari bidang kesehatan sangat berperan dalam perkembangan obat
karena hampir semua obat disintesis melalui protein
5. Proteomik lebih akurat dibanding genomik karena dalam pemeriksaan, proteomik selalu
dinamis/berubah-ubah pada tiap sel akibat jumlah protein di berbagai jaringan berbeda
tergantung ekspresi gennya. Sedangkan genomik cenderung lebih konstan/sama karena
setiap selnya tunggal
6. Adapun dilihat dari segi penelitian dimana proteomik lebih bermanfaat karena protein
berfungsi sebagai molekul sel utama dan mencerminkan keadaan waktu nyata.
Sedangkan Gen yang ditemukan di nukleus mungkin tidak mencerminkan kondisi di
dalam sel secara akurat karena regulasi pada tingkat protein dan RNA, yang tidak dapat
diamati dalam penelitian Genomics
7. Respon terapi lebih baik dari pada terapi gen
3).

a. SDS adalah supporter ion dimana pada bagian kepala bersifat polar dan memiliki
muatan negatif sehingga SDS akan merusak atau memutus ikatan pada protein untuk
ikatan hidrogen interaksi hidroponik dan ikatan ion sedangkan ikatan disulfida akan
dirusak oleh beta- mercaptoethanol. Ketika sampel ditambahkan SDS dan dipanaskan,
maka SDS akan menyelimuti protein sehingga protein menjadi bermuatan negatif dan
membuat molekul protein menjadi linier. Sehingga protein dapat dipisahkan berdasarkan
ukuran molekulnya.

b. Separating gel dan stacking gel dengan pH yang berbeda yaitu separating gel dengan
pH 8,8 sedangkan Stacking gel pH 6,8 keduanya terdiri dari Acrylamide, bis Acrylamide,
ammonium persulfate dan TEMED. Gel terbentuk dari proses polimerisasi di antara dua
buah kaca yang sudah disetting untuk pembentukan gel.

Separating gel dimasukan terlebih dahulu sampai batas yang ditentukan reaksi
polimerisasi terjadi antara polymer acrylamide yang dikatalisis ammonium persulfate dan
TEMED. Menghasilkan radikal bebas, radikal bebas yang terbentuk akan dihubungkan
oleh agen bros linking yaitu bis Acrylamide. Kemudian membentuk Cross-linking gel
tergantung pada konsentrasi Acrylamide dan bis Acrylamide. Konsentrasi rendah
digunakan untuk memisahkan protein dengan karakteristik molekul yang besar
berikutnya stacking gel ditambahkan di atas pada separating gel kemudian diberikan
sistem plastik selama polipretasi atau sebelum memadat untuk membentuk sumuran
tempat sampel akan memberikan. Setelah semua gel memadat, gel yang berada di bak
kaca dipindahkan ke alat yang memiliki elektroda dengan posisi elektroda positif di
bagian bawah sedangkan yang negatif di bagian atas setelah itu rangkaian tersebut
dimasukkan ke Chamber dan diberikan running buffer yang berisi tris-glycine-chloride
dengan PH 8,3 untuk memberikan konduksi pada gel sebelum memasukkan sampel
terlebih dahulu dimasukkan protein penanda yang berisi protein yang sudah diketahui
ukuran molekulnya dengan satuan kDA mungkin dari protein rendah adalah untuk
menentukan ukuran protein sampel yang bermigrasi secara paralel pada gel tiap sampel
dimasukkan pada satu sumuran. Bromophenol blue dan gliserol yang ditambahkan di
awal mempunyai fungsi yaitu bromophenol blue merupakan pewarna untuk
memvisualisasi sampel sedangkan gliserol digunakan untuk meningkatkan berat molekul
sampel supaya langsung ke dalam jemuran dan tidak tercampur dengan running buffer.
Setelah semua sampel dimasukkan dan dialirkan medan listrik melewati gel. medan
listrik dialiri dari kutub negatif ke kutub positif sehingga molekul akan berpindah dari
molekul yang kecil yang lebih mudah dan cepat oleh gel dibandingkan molekul yang
lebih besar.
 Stacking gel difungsikan untuk memastikan protein melewati separating gel
secara bersama-sama karena seumuran yang menjadi sampel memiliki tinggi kurang lebih
1 cm dan dengan tidak adanya stacking gel maka protein protein akan terdistribusi secara
tidak beraturan dan menghasilkan campuran yang kurang baik. Running buffer, tris-
glycine-chloride, ion Cl. Sehingga pada sumuran terdapat 3 sampel. Protein dan ion
klorida mempunyai muatan negatif sedangkan glycine dapat memiliki tiga tingkatan
muatan yang berbeda tergantung pH 5,97 dimana glycine akan bermuatan netral. Ketika
pH dibawa pH isoelektrik maka glycine akan memiliki muatan positif dan jika pH diatas
pH isoelektrik maka glycine akan negatif.

Prinsip-nya protein dan ion klorida akan bermigrasi ke stacking gel yang
memiliki ph 6,8 pada pH ini glycine berubah menjadi muatan Netral sehingga protein dan
ion cl bermigrasi lebih cepat dari pada glisin menuju ke separating gel sehingga urutan
yang terlebih dahulu mendekati separating gel adalah ion klorida dan protein kemudian
yang terakhir adalah glisin.Ketika memasuki separating gel PH berubah menjadi 8,8
yang menyebabkan glycine bermuatan negatif kembali dan dapat bermigrasi lebih cepat
dari pada protein. protein akan terpisah dengan molekul yang lebih besar akan bergerak
lebih lambat melalui pori-pori sel acrylamide dari pada molekul kecil. Semua protein-
protein terpisah berdasarkan ukuran molekul dan dapat dianalisis menggunakan metode
lain.

4). Skema pemisahan protein menggunakan 2D gel

 Protein yang sudah diisolasi dan dimurnikan dipisahkan berdasarkan isoelektrik poin (pI) / Isoelectric
focusing (IEF)

Protein yang bermuatan positif/ banyak memiliki muatan positif akan ke pH asam, sedangkan yang
bermuatan negatif/ banyak memiliki muatan negatif akan ke pH basa

Pemisahan berdasarkan ukuran molekil menggunakan SDS_PAGE

Pilih gel agarosa. Pilih microcentrifuge untuk

menutup tutupnya.

Arahkan sumur gel ke Pilih mikropipet P20.

arah elektroda negatif.

Pilih pengaturan volume

untuk mengatur volume ke
Tuang labu dengan 1x Sodium 10μl lalu pilih Simpan
Borate Buffer di atas kotak gel. volume.

Pilih kotak ujung P20 untuk

Pilih microcentrifuge untuk membukanya
membuka tutupnya.
 Pindahkan mikropipet P20 ke
Pilih dan pindahkan kotak tip P20 untuk memasang
masing-masing tabung tip.
larutan ke mikrosentrifus.

Pilih kotak ujung P20 untuk

menutupnya.
Seimbangkan microcentrifuge
dengan menempatkan tabung
sehingga wadah yang terisi simetris.
Pilih tabung larutan S1 untuk
membukanya dan masukkan
mikropipet ke dalamnya.
Pilih microcentrifuge untuk
menutup tutupnya
Buatlah larutan 1 dengan
menekan plunger hingga
mencapai pemberhentian
Lepaskan tabung dan Tutup tabung larutanpertama
S1. dan lepaskan plunger
letakkan kembali di rak. secara perlahan.

Pilih mikropipet P20 dan pindahkan ke atas

kotak elektroforesis gel untuk
mempersiapkan pengisian gel.

Pindahkan mikropipet untuk memasukkan

sampel ke dalam sumur pertama dengan
memilih jalur 1.