Equilibrium Hardy-Weinberg

a. Genetika populasi

Dalam konteks genetika forensik, populasi dapat digambarkan sebagai

kelompok orang yang memiliki keturunan bersama. Dalam istilah forensik
klasifikasi populasi di suatu negara biasanya cukup luas dan banyak subkelompok
yang dapat berbeda dalam bahasa, budaya dan agama ditempatkan bersama-sama
dan diklasifikasikan sebagai, misalnya, Kaukasia, sub-Sahara Afrika dan Asia
Timur.

Genetika populasi dapat didefinisikan sebagai studi faktor-faktor yang

mempengaruhi frekuensi alel dan genotipe dari lokus genetik yang berbeda dalam
suatu populasi. Hukum Hardy-Weinberg (HW law), juga disebut prinsip Hardy-
Weinberg, memberikan representasi matematika-ematikal sederhana tentang
hubungan frekuensi genotipe dan alel dalam populasi ideal dan merupakan pusat
genetika forensik. Hukum HW menyatakan bahwa dalam populasi kawin secara
acak, frekuensi genotipe pada setiap lokus genetik tetap konstan. Ketika sebuah
populasi mematuhi hukum HW dikatakan berada dalam ekuilibrium Hardy-
Weinberg (HWE). Yang penting, ketika populasi berada di HWE, frekuensi
genotipe dapat diprediksi dari frekuensi alel. Hubungan ini dapat diwakili dalam
kotak Punnett (Gambar 8.1).

Gambar 8.1 Kotak Punnet menunjukkan hubungan antara alel A dan B, bersama
dengan semua kemungkinan genotipe yang dihasilkan. Jika alel A terjadi pada
frekuensi (p) 0,6 dan alel B terjadi pada frekuensi (q) 0,4, maka adalah mungkin
untuk memperkirakan bahwa populasi akan mengandung individu dengan
genotipe AA, AB dan BB pada frekuensi masing-masing 0,36, 0,48 dan 0,16.
Setiap homozigot hanya muncul satu kali, maka p 2, atau q2. Heterozigot akan
diwakili dua kali, maka 2pq
 Lokasi STR polimorf yang digunakan dalam genetika forensik memiliki
banyak alel. Bagaimana pun, frekuensi genotipe homozigot dapat dihitung dengan
menggunakan p2 dan heterozigot dapat dihitung dengan menggunakan 2pq.

b. Penyimpangan dari keseimbangan Hardy-Weinberg

Hukum HW menyatakan bahwa kondisi tertentu harus dipenuhi. Ini
adalah:
Populasi sangat besar;
Kawin acak terjadi di dalam populasi;
Penduduk bebas dari dampak migrasi;
Tidak ada seleksi alam;
Tidak ada mutasi yang terjadi

Jelas tidak ada populasi manusia yang memenuhi kriteria ini dan mereka
akan menyimpang dari HWE ke tingkat yang lebih besar atau lebih rendah.

Populasi sangat besar

Konsekuensi dari ukuran populasi yang terbatas adalah frekuensi alel akan
berubah melalui proses yang dikenal sebagai drift genetik acak, dimana frekuensi
alel tertentu akan meningkat atau menurun melalui kejadian kebetulan. Efek drift
genetik lebih terasa pada populasi yang lebih kecil. Namun, sebagian besar
populasi cukup besar untuk frekuensi alel tidak terpengaruh secara signifikan oleh
drift genetik. Bahkan pada populasi manusia terisolasi yang relatif kecil, telah
ditunjukkan bahwa alel yang hadir pada frekuensi lebih dari 1% jarang hilang
pada populasi yang baru saja menyimpang.

Kawin acak

Manusia tidak sepenuhnya kawin secara acak. Namun, karena genotipe

STR tidak memiliki dampak pada fenotipe seseorang, seperti tinggi badan,
kekuatan atau kecerdasan, pemilihan STR melalui seleksi seksual tidak mungkin
dan belum ditunjukkan.

Tidak ada migrasi

 Sejarah manusia penuh dengan migrasi dan ini jelas dapat menyebabkan
perubahan pada kumpulan gen populasi. Jika dua populasi yang berbeda tinggal di
wilayah geografis yang sama dan mereka memiliki frekuensi alel yang berbeda,
setiap populasi dapat berada di HWE. Jika dua populasi berbeda tidak dikenali
dalam populasi yang lebih besar dan tidak diperlakukan sebagai populasi terpisah,
tampaknya ada penyimpangan dari HWE. Ini dikenal sebagai efek Wahlund. Jika
campuran acak terjadi di antara kedua populasi, populasi yang tercampur akan
berada di HWE setelah satu generasi. Pada kenyataannya, di mana dua populasi
memiliki perbedaan dalam bahasa, budaya atau agama, campuran biasanya
merupakan proses yang jauh lebih lama.

Seleksi alam

Pada beberapa lokus di genom manusia, efek tekanan selektif dapat

dideteksi, misalnya persistensi laktase yang ada pada populasi dimana susu telah
menjadi bagian diet yang berkelanjutan. Mutasi yang dapat menyebabkan
resistensi penyakit juga dapat menunjukkan efek seleksi yang kuat. Alel CCR5-32
mutasi, yang diperkirakan menawarkan perlindungan terhadap wabah perdarahan
yang menyebabkan sejumlah besar orang Eropa sekarat antara 1347 sampai 1670
M, terjadi pada frekuensi hampir nol di populasi India Asia, Afrika dan Amerika,
sedangkan itu adalah Hadir pada frekuensi 0,16 (16%) pada populasi Eropa.
Namun, lokus yang digunakan untuk pengujian forensik tidak berada di dalam
daerah fungsional genom dan tidak ada bukti bahwa mereka berada di bawah
tekanan selektif.

Mutasi

Mutasi pada lokus STR relatif cepat dan ketidakstabilan pada lokus ini
yang menyebabkan tingkat tinggi polimorfisme - sifat yang membuat mereka
menjadi penanda genetik yang berharga. Namun, tingkat mutasi STR masih relatif
rendah kurang dari 0,2% per generasi dan tidak memiliki efek signifikan pada
frekuensi alel dalam gen pool.

c. Uji statistik untuk menentukan penyimpangan dari kesetimbangan Hardy-

Weinberg
 Banyak uji statistik telah dikembangkan untuk menghitung penyimpangan
frekuensi alel dari HWE. Ini termasuk goodness-of-fit test (uji chi square), uji
homozigositas, likelihood ratio test dan exact tests. Namun, ketika menganalisis
lokus STR polimorf, pengujian ini tidak memiliki sensitivitas yang diperlukan
karena ada banyak genotipe yang tidak terdeteksi, dan banyak genotipe, yang
terdeteksi pada frekuensi sangat rendah pada masing-masing lokus. Uji coba
multi-lokus dikembangkan dan dapat mendeteksi penyimpangan dari HWE ketika
dataset besar diuji. Penyimpangan signifikan dari HWE belum terdeteksi di
sebagian besar populasi. Tes yang tepat tidak akan mendeteksi variasi dari HWE
dalam dataset kecil, kecuali penyimpangannya sangat ekstrem, dan oleh karena itu
kesimpulan dari melakukan tes yang tepat seharusnya tidak terlalu ditafsirkan.

d. Memperkirakan frekuensi profil STR

Dalam analisis DNA forensik, HWE digunakan bersamaan dengan

database frekuensi alel untuk menghitung frekuensi genotip. Database frekuensi
allelic dibangun dengan mengukur terjadinya alel dalam populasi yang ditentukan.
Telah direkomendasikan bahwa database setidaknya 200 alel per lokus (atau 100
individu) digunakan untuk populasi tertentu saat menggunakan database untuk
menghasilkan perkiraan statistik dari kekuatan bukti DNA. Semakin besar
database, semakin representatif populasi, dan praktik saat ini menentukan bahwa
beberapa ratus individu harus dijadikan sampel saat membuat database frekuensi
allelic. Orang-orang ini seharusnya bukan hubungan langsung, oleh karena itu
saudara kandung atau ibu dan anak, dan lain-lain, kombinasi tidak boleh
dimasukkan ke dalam database frekuensi alel.

Dengan menggunakan HWE, frekuensi genotipe yang diharapkan pada

setiap lokus dihitung dengan menggunakan frekuensi alel yang diamati. Dengan
menggunakan frekuensi ini bersama dengan persamaan HWE di atas, kita dapat
menghitung frekuensi profil STR. Proporsi genotipe untuk masing-masing lokus
dihitung dengan menggunakan p2 untuk homozigot dan 2pq untuk lokus
heterozigot (Tabel 8.1). Frekuensi profil keseluruhan dihitung dengan mengalikan
frekuensi genotip pada masing-masing lokus. Perbanyakan ini disebut aturan
produk - dimungkinkan karena pewarisan alel pada masing-masing lokus tidak
tergantung pada lokus lainnya.

Tabel 8.1 Frekuensi profil diestimasi dengan menggunakan prinsip-prinsip hukum

Hardy-Weinberg dan database frekuensi alel yang dibangun dengan menggunakan
400 alel. Karena lokus berada pada kromosom yang berbeda, tidak ada keterkaitan
genetik dan aturan produk dapat digunakan, mengalikan setiap frekuensi genotip
untuk menghitung frekuensi profil keseluruhan.

e. Koreksi untuk database frekuensi alel

Frekuensi allelik dihitung dengan mengukur sejumlah alel pada target

populasi. Alel yang lebih banyak yang diukur sebagai bagian dari database
frekuensi allelic semakin akurat. Namun, tidak praktis untuk mengukur semua alel
pada populasi besar dan frekuensi hanya perkiraan, rentan terhadap
ketidakakuratan karena ukuran database yang terbatas. Untuk alel umum
dampaknya kecil tapi dengan alel langka, yang dapat dengan mudah diwakili
dalam database frekuensi, dampak pengambilan sampel terbatas dapat memiliki
efek yang besar. Perlu dicatat bahwa kekurangan dalam database frekuensi juga
dapat menyebabkan lebih dari sekadar representasi frekuensi alel, namun, sebagai
prinsip umum, ketika kita memperkirakan pentingnya bukti forensik,
penekanannya bukan untuk menyatakan kekuatan bukti secara berlebihan.
Pendekatan yang berbeda telah dilakukan untuk mengatasi keterbatasan database
frekuensi alel. Ini termasuk prinsip alel frekuensi alel, koreksi bias ukuran
Balding, memungkinkan efek subpopulasi dan menggunakan frekuensi profil
maksimum.

Prinsip Allele ceiling

Alel yang sangat jarang mungkin tidak muncul sama sekali dalam database
frekuensi. Jika alel langka yang sebelumnya tidak terwakili pada database
frekuensi terdeteksi di sampel TKP maka frekuensi alelnya adalah 0. Mekanisme
harus disiapkan untuk mengatasi situasi ini. Salah satu pendekatannya adalah
dengan mengatur frekuensi alel minimal. Nilai frekuensi minimum yang
digunakan bervariasi dari satu negara ke negara lain, tetapi biasanya sekitar 0,01
(1%). Setiap alel yang terjadi dengan frekuensi kurang dari 0,01 akan disesuaikan
dengan angka ini. Pendekatan alternatif adalah dengan menggunakan jumlah alel
minimal, misalnya lima alel menjadi jumlah alel terkecil yang dianggap: frekuensi
alel dihitung dengan rumus 5 / 2N, di mana N adalah jumlah individu dalam
database.

Koreksi sederhana untuk bias sampling

Database frekuensi alel relatif kecil bila dibandingkan dengan populasi

dimana mereka ditarik dan oleh karena itu tetap ada ketidakpastian sampling.
Metode sim untuk mengatasi ketidakpastian tersebut, yang melekat pada database
frekuensi alel, disarankan oleh Balding. Informasi allelic dalam database
evolusioner dimasukkan ke dalam database untuk menyesuaikan potensi
representasi alel yang kurang. Bila ada profil DNA yang sesuai, harus ada dua
profil DNA: satu dari TKP dan satu dari sampel referensi. Alel dari profil ini
ditambahkan ke database frekuensi allelic. Dengan menambahkan kedua profil
tersebut, kami membuat asumsi bahwa materi yang ditemukan di TKP tidak
berasal dari tersangka. Jika kita melihat profil pada Tabel 8.1, pada lokus vWA
adalah lokus heterozigot dengan alel 14 dan 17; Masing memiliki frekuensi
masing-masing 0,0850 dan 0,2500. Dengan mengalikan frekuensi alel dengan
jumlah alel dalam database, kita dapat menghitung bahwa jumlah alel yang
diamati dalam database adalah 34/400 untuk alele 14 dan 100/400 untuk alel 17.
Kita sekarang memiliki dua profil untuk ditambahkan ke Database; Kami telah
melihat total empat alel baru: 14, 17 di sampel TKP dan juga 14, 17 dalam sampel
tersangka. Ini dapat ditambahkan ke database dan frekuensi dihitung ulang.
Database sekarang memiliki 36 pengamatan alel 14 dari total 404 alel yang
diamati, yang mengarah ke frekuensi alel 0,090. Demikian pula, untuk alel 17 kita
sekarang memiliki 102/404, yang memberi kita frekuensi alel 0,255. Prosedur ini
diulang untuk setiap lokus heterozigot.

Pada Tabel 8.1 lokus FGA homozigot dan dalam database asli kita
memiliki 71/400 pengamatan namun sekarang perlu menambahkan empat
pengamatan lagi (21, 21 dan 21, 21) terhadap frekuensi alel 21 dan jumlah alel,
Jadi frekuensi baru adalah 75/404 = 0.1856. Profil dihitung ulang dengan
menggunakan metode koreksi ini pada Tabel 8.2.

Tabel 8.2 Frekuensi profil telah dihitung ulang dari Tabel 8.1 dengan
menggunakan koreksi Balding untuk bias sampling. Dampak dari faktor koreksi
ini paling besar pada alel langka
 Koreksi Balding untuk ukuran bias memiliki dampak terbesar bila
database dibuat dari sejumlah kecil alel atau bila alelnya langka. Jika alelnya biasa
dan databasenya besar, efeknya bisa diabaikan.

Metode di atas mengkompensasi keterbatasan database frekuensi alel yang

disebabkan oleh efek sampling. Metode lain yang lebih kompleks, seperti
menghitung interval kepercayaan 95%, dapat digunakan namun tidak banyak
digunakan.

Subpopulasi

Selain mengoreksi efek sampling, mungkin juga diperlukan untuk

memungkinkan adanya subpopulasi saat menghitung frekuensi profil. Bahkan di
dalam populasi kelompok etnis yang sama luas, populasinya tidak homogen
namun terdiri dari subpopulasi yang terkait. Subpopulasi terbentuk karena orang
tidak kawin secara acak, namun cenderung, misalnya, memiliki anak dengan
orang-orang dari area geografis yang sama atau kelompok sosial yang sama.
Database allelic biasanya terdiri dari sampel yang diambil dari populasi umum,
dan bukan dari satu subpopulasi, dan oleh karena itu memberi kita perkiraan rata-
rata frekuensi alel di seluruh populasi. Efek subpopulasi telah ditunjukkan sebagai
penyebab kesalahan dalam estimasi frekuensi profil. Dalam subpopulasi ada
tingkat keterkaitan yang lebih tinggi antara individu daripada populasi
keseluruhan, yaitu kemungkinan yang lebih tinggi bahwa dua individu memiliki
beberapa tanda genetik yang sama melalui keturunan dari nenek moyang yang
sama (identik dengan keturunan) daripada dengan pertandingan acak (Identitas
oleh negara). Untuk menggabungkan faktor substruktur ini ke dalam perhitungan
frekuensi profil, nilai theta () digunakan untuk menggambarkan tingkat
diferensiasi antara subpopulasi (jumlah perkawinan sedarah). Tingkat substruktur
populasi, dan oleh karena itu nilai theta pada lokus STR, telah ditunjukkan
rendah. Secara umum, nilai theta 0,01 digunakan untuk populasi yang tampaknya
homogen, sedangkan untuk populasi yang terisolasi / terdiferensiasi, nilai theta
0,03 telah direkomendasikan. Untuk menghitung frekuensi profil yang
memungkinkan subpopulasi, persamaan berikut digunakan yang umum
digunakan:
 Kita dapat menggunakan ini untuk menghitung ulang frekuensi profil yang
disajikan pada Tabel 8.1: perhitungan untuk lokus vWA dan FGA ditunjukkan di
bawah ini dengan nilai theta 0,01.

Dampak dari nilai theta 0,01 pada profil khusus ini adalah peningkatan
tiga kali lipat dalam frekuensi profil, sedangkan nilai theta 0,03 mengarah pada
frekuensi yang lebih dari 20 kali lebih umum - namun tetap sangat jarang (Tabel
8.3). Perlu dicatat bahwa dampak penerapan theta terhadap perhitungan frekuensi
profil berbeda antar profil.

Tabel 8.3 Pengaruh metode koreksi yang berbeda terhadap frekuensi profil yang
dihitung pada Tabel 8.1. Dengan profil ini, penerapan frekuensi alel minimum
0,0125 tidak akan berdampak karena frekuensi alel yang paling langka adalah
0,025
 Praktek saat ini dalam kebanyakan sistem hukum adalah menggunakan
nilai theta antara 0,01 dan 0,03, terlepas dari keadaan luar biasa dimana tingkat
perkawinan silang yang sangat tinggi mungkin terjadi.

Prinsip ceiling profile

Di beberapa negara, seperti Inggris, pendekatannya adalah menggunakan

probabilitas pertandingan 1 dalam satu miliar (1 000 000 000). Pendekatan ini
sangat konservatif. Ini memiliki keuntungan bahwa frekuensi profil individual
tidak harus dihitung karena nilai yang digunakan jauh lebih rendah daripada
frekuensi profil yang paling umum, bahkan jika koreksi konservatif digabungkan.

f. Database frekuensi populasi mana yang harus digunakan?

Dalam beberapa kasus, asal bahan asal etnis yang ditemukan dari TKP diketahui:
misalnya, jika seorang wanita diserang secara seksual, dia biasanya dapat
menggambarkan pelaut sebagai orang kulit putih, hitam, Asia, dan lain-lain.
Dalam kasus seperti itu, untuk Misalnya, jika penyerang itu digambarkan berkulit
putih, maka logis untuk menggunakan database frekuensi alel putih Kaukasia
untuk menghitung frekuensi profil. Dalam konteks lain, mungkin tidak ada
informasi tentang siapa yang bisa meninggalkan materi di TKP. Di negara atau
wilayah yang memiliki populasi besar dengan latar belakang etnis yang berbeda,
praktik yang umum adalah frekuensi profil dihitung dengan basis data alel untuk
setiap kelompok populasi utama, dan menggunakan frekuensi profil yang paling
konservatif. Jika kita mengambil contoh dari Tabel 8.1, data frekuensi alel yang
digunakan berasal dari database Kaukasia kulit putih (AS); Jika kita menghitung
ulang dengan data frekuensi alel yang mewakili populasi Afrika Amerika, kita
mendapatkan frekuensi profil 3,36 10-16, yang lebih dari 200 kali lebih jarang
daripada saat kita menggunakan data frekuensi Kaukasia. Dalam hal ini jelas
bahwa data Kaukasia memberikan perkiraan frekuensi yang lebih konservatif.